最新:肾上腺素受体基因单倍型确定及分布估计-文档资料.ppt
《最新:肾上腺素受体基因单倍型确定及分布估计-文档资料.ppt》由会员分享,可在线阅读,更多相关《最新:肾上腺素受体基因单倍型确定及分布估计-文档资料.ppt(46页珍藏版)》请在三一文库上搜索。
1、肾上腺素受体基因单倍型的确定及分布估计,摘要:对哮喘病进行case-conctrol study的第一步就是要确定个体的单倍型。Reihsaus假设异常的2AR基因与哮喘的生理研究密切有关。2AR基因在染色体5q3132上。2AR基因的编码区中没有内含子。人类的2AR基因上有多个单核苷酸多态性位点(single-nucleotide polymorphisms ,SNPs),单个的SNP信息没有任何预兆性的价值,而一条染色体上的多个SNP位点经组合后得到的单倍型(haplotype)信息却不清楚。利用SNP信息确定个体单倍型一般有三种算法:Clark算法,EM算法和Phase算法。经分析13个
2、SNP位点的213种(8192)理论组合,我确定了12种单倍型,并估计了其分布情况。 关键词:肾上腺素受体. 单倍型. SNP.算法,Haplotype reconstruction and its distribution of 2-adrenergic receptor gene,Abstract: The first step for proceeding the research on asthma disease “case-control study” is to identify the haolotype. Abnormality of the 2-adrenergic rec
3、eptor gene (2AR) has been hypothesized to be involved in the physiology of asthma (Reihsaus et al.1993). The receptor is encolded by an gene on chromosome 5q31-32. The gene encoding 2- adrenergic receptor (2AR) is devoid of introns within its coding region The human 2-adrenergic receptor gene has mu
4、ltiple single-nucleotide polymorphisms (SNPs),but single SNP informations hasnt any predictive value,and the relevance of chromosomally phased SNPs (haplotypes) is not known Three popular algorithms, Clarks parsimony algorithm, EM algorithm and Phase algorithm, are used to obtain haplotype from SNP
5、information. Thirteen SNPs were found organized into 12 haplotypes out of the theoretically possible 8192 combinations. Key word: 2- adrenergic receptor, haplotype, SNP, algoritm.,一.前言:,单倍型(haplotype)是指一条染色体上单核苷酸多态(SNP)位点排列出的序列。在DNA序列上,不同个体在大多数位点是相同的,但在这些SNP位点可能表现出差异,这样的差异在人类基因组中平均每250-350bp出现一次。可以认
6、为一个单倍型就是一条链上包含几个相邻的SNP位点的DNA序列。,普通的基因检测方法只能给出各位点的基因型,而不能提供个体的单倍型信息。我们可以通过对群体中的随即抽样进行全面的基因检测,确定其两条染色体的序列,这样我们就可以获得每个个体的单倍型,再通过统计分析便可估计群体的单倍型,但是这种方法的检测费用很高,而且该技术目前尚未普及。,目前最流行的方法是用统计学方法代替实验室检测,利用统计学原理,对抽样的基因型信息进行分析,以确定个体单倍型及估计群体的单倍型频率。分析方法基本上有三种: 1.Clark算法。(Clark A.G .1990) 2.EM(Expectation-Maximizatio
7、n)算法。(Excoffer L. Slatkin M.1995) 3.Phase算法。(Stephens.M.et al 2001),2AR是G蛋白偶联的受体,它中介的是生物组织对儿茶酚胺的反应。编码2AR的基因位于人类的5q31-32染色体区域中。2AR有七个跨膜结构域,羧基末端及氨基末端分别位于膜内外两侧。Reihsaus et al.(1993)发现了该基因中非同义的SNP位点(序列中的46,79和491位,见Table 1 and GenBank accessions nos.AF022953, AF022954, AF022956)。,Martinez et al.(1997)用实
8、验证明个体2AR的SNP信息的不同会导致支气管扩张肌不同的收缩反应。Drysdale et al.(2000)认为这些位点与哮喘(asthma)这种疾病有密切联系。然而单个的SNP信息没有任何预兆性的价值。,这里以四个种族组成的确定群体(23个Caucasians高加索人,19个African-Americans非洲的美洲人后裔,20个Asians亚洲人及15个Hispanic-Latinos西班牙的拉丁后裔)为研究对象,分析2AR 基因从5端非转录区域(5UTR)到编码区的大约1.6kb的连续区域,确定了13个SNP位点,确定了12种单倍型及分布情况。,二.原理和方法:,(1)Clark 算
9、法 (2)EM(Expectation-Maximization)算法 (3) Phase算法,Clark 算法,Clark AG 在1990年提出的Clark 算法是将样本中可能出现的单倍型数量降低到最少的方法。 示例:个体在这7个位点都是纯合的如: ATGGTAC 一个确定的单倍型。,如:个体基因型是ATGC/GTAC,该个体是单杂合的, ATGGTAC/ATGCTAC 当杂合位点多于一个时,该个体的两条染色体序列就无法确定,即单倍型无法确定,而且杂合位点越多,可能出现的单倍型数目就越多。 计算可能出现的单倍型个数: N=2k (k表示杂合位点数),Clark算法就是县列出具有纯合和单杂合
10、位点的个体的单倍型,然后用这些已经确定的单倍型去确定其他多杂合位点的个体的单倍型。 示例:个体基因型是ATG/CGT/CAC 两对可能的单倍型: ATGGTAC/ATCGCAC ATGGCAC/ATCGTAC,Clark算法的基本步骤:,STEP1.找出所抽样本中所有的纯合和单杂合中所有的纯合和单杂合的个体,把这次个体的单倍型作为已经确定的单倍型; STEP2.用这些单倍型去比较那些未被确定的单倍型,如果有一种单倍型与已知单倍型相同,则可以认为与它相对的一条单倍型也被确定; STEP3.循环第二步,直到再找不到能够被确定的单倍型。 *_*,EM(Expectation-Maximization
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 最新 肾上腺素 受体 基因 单倍型 确定 分布 估计 文档 资料
链接地址:https://www.31doc.com/p-1939834.html