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1、2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,1,医学文献数据库 MEDLINE,IE 6.0以下版本,应用火狐浏览器 (下载网址及软件),2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,2,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,3,一、数据库概况,(一)编制单位:美国国立医学图书馆(NLM) 。 (二)收录学科内容: 主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学,基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的
2、研究内容。,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,4,(三)文献来源: 收录70多个国家和地区的近5000种生物医学期刊,大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选,由NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。 近年数据涉及37种语种,回溯至1949年的数据涉及60种语种。数据库47%为美国本土出版文献,90%为英文文献,79%的文献有著者撰写的英文文摘,(以上数据根据2009年7月数据库提供)。,一、数据库概况,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室
3、,5,二、 MEDLINE的检索平台,广域网免费平台: NCBI-PubMed(含非MEDLINE数据),2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,6,校园网内可用平台(IP控制): Ovid SP(含非MEDLINE数据) Web of Knowledge EBSCO OCLC First Search,二、 MEDLINE的检索平台,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,7,校园网内可用平台的Medline,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,8,PubMed数据库检索,http:/www.pubmed.gov,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教
4、研室,9,(一)开发机构: NCBI(美国国立生物技术信息中心) http:/www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI的任务: 建立基于计算机信息处理的分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统,并开展相关先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。,一、 PubMed简介,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,10,NCBI网站,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,11,NCBI提供的数据库,检索大分子生物学数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列; 获取Swis
5、s-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列,从核酸序列翻译到蛋白质的序列; 获取基因和染色体图谱;蛋白质三维结构数据及大分子模式(MMDB)等其他生物信息数据库检索。 PubMed等文献数据。,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,12,广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取) 提供检索词智能转换匹配 界面简洁,操作简便,(二) PubMed的特点,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,13,MDENLINE Indexed 1966 to prensent的MEDLINE已标引数据,有MeSH字段和摘要,每条记录标有: PubMed-ind
6、exed for MEDNLINE OldMDENLINE 1949-1965年间的MEDLINE数据,无MeSH字段和摘要,每条记录标有: PubMed-OLDMDENLINE for Pre1966,(三) PubMed收录数据,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,14,MDENLINE Inprocess 最新的MDENLINE处理中数据,未标引,无MeSH字段。每条记录标有: PubMed-in process。 Publisher-Supplied 出版商提供的电子文献题录,每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher,分为两类: ME
7、DLINE 收录,逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE:PubMed 收录,MDELINE不收录,一直标注PubMed-as supplied by publisher或PubMed,(三) PubMed收录数据,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,15,二、PubMed的检索功能,基本检索输入框,检索限制,高级检索,检索指南,检索工具: 特定文献检索 临床查询 专题查询,其他资源: 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等,个人空间,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,16,检索栏可输入一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索
8、) 如:Omeprazole pharmacology,三、PubMed 基本检索规则,多个检索词输入,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,17,检索栏可输入布尔逻辑运算式: 如:Omeprazole AND (analogs OR derivatives) 字段限定符: ,空格按词组匹配 如:Stem cell transplantationti(空格=词组运算) 如:Omeprazoleti pharmacologyti(空格=“and ”运算),三、PubMed 基本检索规则,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,18,字段限定 stem cell transp
9、lantationti,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,19,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,19,stem cellti AND transplantationti,比空格多检出400篇,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,20,逻辑运算式输入: 芦荟治疗牛皮癣, 牛皮癣出现在篇名中,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,21,著者检索:姓全称在前,名首字母在后,au。 如: smith abau “paulsen e”au,三、PubMed 基本检索规则,逻辑运算式输入: Paulsen E撰写的芦荟治疗牛皮癣的文章,2019/
10、3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,22,刊名检索:全称或MEDLINE认可的标准缩写, so 如:Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,三、PubMed 基本检索规则,输入刊名检索发表在该刊上的文献(限定出处字段SO),2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,23,PubMed记录字段说明,文摘 第一著者单位地址 出版商提供文献识别号 著者群 版权说明 参考评论文献 合著者 文献参考评论 定稿版 校样版 输入日期 输入完成日期 电子出版日期,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,24,电
11、子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,25,最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期 系统组织的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,26,作为主题词的个人姓
12、名 出版状态 文献类型 出版模式(纸张或电子) 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,27,截词检索:treat* 可检出:treat, treated, treatment. 强迫短语检索:“ ”,不进行自动转换匹配和扩展检索 如:“acute low back pain” “ang 1”(血管紧张素1缩写)检出
13、1085篇 比较:ang 1 检出9956篇,误检多,其中有:,三、PubMed 基本检索规则,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,28,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,29,自动转换匹配检索词: 对常用医学名词自动在规范词索引(主题词、副主题词、物质名称)中转换、并在所有记录字段中匹配。 如:tongue cancer “tongue neoplasms“MeSH Terms OR (“tongue“All Fields AND “neoplasms“All Fields) OR “tongue neoplasms“All Fields OR (“tongue
14、“All Fields AND “cancer“All Fields) OR “tongue cancer“All Fields,三、PubMed 基本检索规则,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,30,结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,31,自动转换匹配检索词: 如:hypertension therapy Details: (“hypertension“MeSH Terms OR “hypertension“All Fields) AND (“therapy“Subheading OR “therapy
15、“All Fields OR “therapeutics“MeSH Terms OR “therapeutics“All Fields),三、PubMed 基本检索规则,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,32,四、PubMed 检索限制:Limits,PubMed主页、结果显示页、高级检索界面均有Limits链接。,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,33,全文、免费全文、摘要限定,出版日期限定,文献类型限定,语种限定,研究对象 人/动物限定,性别限定,年龄限定,各种专题的 子数据库限定,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,34,五、PubMed 高
16、级检索功能,一个网页中集多种功能于一体,基本检索,检索细节,检索式编制,检索历史,其他检索资源,检索词索引,结果预览,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,35,Search Builder(检索式编制): 检索框中只能输入检索词,不能输入检索式。 多个字段检索要分多次输入。 Search History(检索历史): 检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。 可组配检索式,如:#1 OR #2,#1 AND child 点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。 Preview(结果预览): 在History中快速显示检索式与检出篇数 Details(检索词匹配细节): 显示转换
17、规范词及运算的详细过程,可确定规范词,五、PubMed 高级检索规则,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,36,六、PubMed其他资源,1. Mesh Database(规范化主题词表) 功能: 确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表 选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 进入途径: MeSH Database链接:PubMed主页,Advanced Search界面 MeSH选项:基本检索框前Search下拉菜单的,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,37,进入 MeSH,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,38,MeSH词检索,
18、例1:2006-10年关于舌根癌药物治疗的文献。 课题分析: 舌根癌的不同表达形式(OR): tongue base cancer、 cancer/carcinoma/tumor of tongue base、 cancer of the base of tongue 药物治疗的不同表达形式(OR) : drug therapy/treat/treatment 两个概念之间:舌根癌 AND 药物治疗,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,39,输入检索词,查找规范词,未匹配到规范词,改用上级概念 “舌癌”匹配,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,40,只查重点论述的文
19、献,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,41,输入舌根的自由词检索式,进行AND运算。,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,42,初步结果,未限定年份,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,43,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,44,设定的限制,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,45,输入(tongue baseti AND (cancer*ti OR carcinoma*ti OR tumor*ti) AND (therapy OR treat OR treatment),自由词检索最新文献,2019/3/17,复旦大
20、学图书馆文献检索教研室,46,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,47,加工中,无MeSH词,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,48,比MeSH多3篇,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,49,排序方式选择,Abstract格式提供全文链接、规范词等信息,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,50,点击标题显示文摘增强格式,文献归类功能,免费全文链接,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,51,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接,我校订购的数据库可链全文,需在校园网
21、内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,52,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,53,输出方式选择,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,54,输出方式选择(send to),File:保存检索结果为文本文件 Clipboard 剪贴板,多次检索,可暂存每次检索需下载的记录,最后一起保存。 最多允许存储500条,保留8小时。 Email: 通过邮件发送 Collections:将检索结果存到My NCBI中 Order:全文传递服务,需帐号、收费。,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,54,
22、2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,55,订阅最新结果,点击后点“XML”按钮,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,56,需IE7.0以上版本,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,57,定期点击链接,接收课题最新相关论文,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,58,MeSH词检索,例2:2003-09年期间关于霉酚酸酯治疗肾衰竭疗效观察的文献。 课题分析: MeSH匹配规范词:mycophenolate mofetil MeSH匹配规范词: renal failure, treatment efficacy(AND) 匹配副主题词: dru
23、g therapy,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,59,补充概念(规范词):MeSH主题词未涵盖的药物、物质名称、疾病名、方案。无副主题词选项,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,60,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,61,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,62,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,63,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,64,MeSH检索的优点,查全同义词: 如:renal/kidney failure; tongue cancer/tumor 查全子概念: 如:chronic/
24、acute kidney failure, ATN,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,65,查全子概念: 自动扩展检索下位词,勾选后不扩展下位词,树形结构,上位词,MeSH检索的优点,查全同义词,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,66,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词 缩小:不扩展下位词,或选用某个下位词; 扩大:选用上位词,或选用多个同位词; 了解同一概念的同义词、近义词,供自由词检索参考,款目词:规范词所替代的不同表达形式的自由词,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,67,MeSH检索的优点,提高文献相关度 标有MeSH词的都是文章的
25、主题,筛去非主题的文章 Major Topic Headings(加权,重点论述的主题),带*的是文献 重点论述的主题,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,68,MeSH检索的缺陷,人工标引费时,近6个月左右的论文还未标MeSH词( In Process),用MeSH会漏检。 Medline不收录的文献,Supplied by publisher的文献,不标MeSH词。 新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。 如:SARS(03年词表中没有),舌根癌 查上述类型的文献需结合自由词检索,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,69,六、PubMed其他资源,2. Jou
26、rnals in NCBI Database(期刊信息库) 通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息。 提供期刊: 在PMC中的免费全文链接 相关的其他期刊 ,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,70,输入待检期刊名,期刊详细信息,全文等链接,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,71,GoPubmed文献分析,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,72,GoPubmed文献分析工具,GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作开发,对PubMed检索结果进行筛选、分析的工具。 智能搜索、交互式筛选找出重要论
27、文。,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,73,GoPubMed的功能,包括生物医学所有概念及其语义关系,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,74,GoPubMed可以告诉我们4W,What,Who,Where,When,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,75,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,76,自动显示备选主题词 鼠标移动至主题词可显示注解、同义词等,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,77,最近检索历史,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,78,四个“W”,查看发表文献最多的作者,2019/3/17
28、,复旦大学图书馆文献检索教研室,79,著者关系图,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,80,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,81,案 例 分 析,H1N1流感的研究进展 利用GoPubMed查找相关文献,并了解以下四个“W”:What ,Who,Where,When; 了解涉及甲流病毒研究的文章; 查找中国(不含省港澳)关于甲流病毒的研究文章,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,82,输入规则同PubMed,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,83,分析功能,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,84,时间分析,国家分析,
29、2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,85,城市分析,刊物分析,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,86,地区分布图,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,87,主题分析,作者分析,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,88,研究人员关系网,线条越多,线形越多,地位越重要,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,89,课题发展趋势,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,90,高频词列表,按研究领域分类,What,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,91,What 文献按研究领域分类,2019/3/17,复旦大
30、学图书馆文献检索教研室,92,了解专家们的研究,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,93,了解研究的分布,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,94,用稿期刊分析,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,95,按时间分析,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,96,找寻最新文献,了解研究进展,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,97,了解抗病毒药物应用于甲流的情况 Antiviral Agents 382,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,98,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,99,相关的Mesh词
31、,链接到维基百科,摘要,期刊信息,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,100,查找中国内地使用达菲治疗甲流的研究文章,点击知识点选择框 +表示逻辑与AND -表示逻辑非NOT 空白表示无限制,自动同步生成检索式,点击“Find it”检索即可,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,101,检索结果处理,显示所有记录的摘要,打开结果输出菜单,显示文献统计分析,显示当前记录摘要,将当前记录加入剪贴板,管理者模式,管理者模式,用户可以以管理者的角度对计算出来的相关概念进行评价。 + 表示高度相关 o表示相关性弱 表示不相关不正确 还可以进行概念检索 评价的时候用鼠标点击即可,从本记录中计算出来的相关概念,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,102,检索结果处理,显示文摘 输出文件(Endnote) 显示统计数据,输出记录 可以链接到全文,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,103,挑选文献并添加至剪贴板,将记录从剪贴板中去除,2019/3/17,复旦大学图书馆文献检索教研室,104,获取全文,
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