《分子生物学》期末复习总结.doc
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1、分子生物学期末复习总结郭 红 双一至八、内容梗概:【细菌的基因转移四种机制】1.接合(conjugation):当细胞与细胞、或细菌通过菌毛相互接触时,质粒DNA从一个细胞(细菌)转移至另一细胞(细菌)的DNA转移。2.转化(transformation)通过自动获取或人为地供给外源DNA,使细胞或培养的受体细胞获得新的遗传表型.3.转导(transduction):是通过噬菌体将基因从供体转移到受体细胞的过程。4.细胞融合(cell fusion):由细胞质膜融合导致的基因转移和重组。【感受态细胞】受体细胞经过一些特殊方法(如电击、CaCl2)处理后,细胞膜的通透性发生了暂时性改变,成为能允
2、许外源DNA分子进入的状态。【转座子(transposon)】1.概念:是在基因组中可以移动的一段DNA序列,可以转移到细胞基因组的任何位置。2.转座作用:一个转座子由基因组的一个位置转移到另一个位置的过程称为转座或移位,或异常重组。3.转座特点: 能从基因组的一个位点转移到另一个位点(又称跳跃基因); 不以独立形式存在; 转座子编码自身的转座酶; 转座的频率很低; 转座作用可引起基因表达内容的改变甚至失活。【插入序列(IS) 】最简单的转座子只含有与转座有关的酶基因,不含有任何宿主基因(包括抗药性基因),常被称为插入序列。IS序列都是可以独立存在的单元,带有介导自身移动的蛋白。【DNA的三级
3、结构】1.一级:DNA分子中各核苷之间的连接方式和排列顺序;2.二级:DNA双螺旋结构;3.三级:DNA的超螺旋结构。【染色体的三级结构】核小体染色质染色体 九、RNA转录后的拼接与加工【核内不均一RNA(hnRNA)】1.概念:是mRNA转录的初始产物,平均分子长度为8-10Kb(2Kb-14Kb)左右,比mRNA的平均长度(1.8-2Kb)要大4-5倍。hnRNA分子经裂解和拼接,只有少部分序列转变为成熟的mRNA,其余在加工过程中被降解。2.是mRNA前体的证据: (1) hnRNA和mRNA有相同的序列; (2) hnRNA在体外能作为模板翻译蛋白; (3) 两者5端都有帽子结构; (
4、4) 二者为相同的聚合酶所合成; (5) 两者的3端都有多聚腺苷尾巴。3.结构特点: (1) 5端有帽结构; (2) 3端有poly(A)尾巴; (3) 帽结构后有3个寡聚U区,每个长约 30nt; (4) 有重复序列,位于寡聚U区后面; (5) 有茎环结构,可能分布于编码区(非重复序列)的两侧; (6) 非重复序列中有内含子区。4.加工四步骤: (1)5加帽; (2)3加尾; (3)切除内含子; (4)修饰:对某些碱基进行甲基化。【帽子结构(7-甲基鸟核苷三磷酸(m7Gppp)功能】有助于mRNA越过核膜,进入胞质;翻译起始所必要的,为核糖体识别mRNA提供了信号,并协助核糖体与mRNA结合
5、使翻译从AUG开始;保护5不被5核酸外切酶的降解,增强mRNA的稳定性。【尾巴结构(多聚腺苷Poly(A),长约200bp)功能】1)可能与核质转运有关2)与mRNA的寿命有关 3)与翻译有关 ,增强翻译效率【核酶(Ribozyme)】1.概念:是指本质为RNA或以RNA为主且含有蛋白质辅基的一类具有催化功能的物质。2.发现:四膜虫rRNA内含子确实具有酶的催化功能,建立一种崭新的概念“核酶”。 3.与传统酶的区别: (1)一般的酶是纯的蛋白质,而核酶是RNA或带有蛋白的RNA; (2)核酶既是催化剂又是底物。而酶仅催化反应。4.意义:(1)突破了酶的概念. 是一种自体催化;(2)揭示了内含子
6、自我剪接的奥秘;促进了RNA的研究。(3)为生命的起源和分子进化提供了新的依据。【核内小RNA(hnRNA)】1.概念:多数真核细胞核内存在的许多种类的小分子RNA,其大小在100-300nt左右,因含有较多的尿嘧啶,因而又被称为U-RNA,又称U-系列。2.核糖核蛋白(RNP):hnRNA与几(十)个蛋白质结合形成,称作snRNP.U1,U2,U5和U4/U6snRNP参与hnRNA的剪接.【RNA编辑(editing)】1.概念:指转录后的RNA在编码区发生碱基的加入,丢失或转换等现象。2.特点:(1)是一种与RNA加帽、加尾、剪接不同的RNA加工形式;(2)转录后改变RNA的序列,使成熟
7、RNA的序列与基因组DNA序列不同;(3)生物学中心法则的补充,扩大了mRNA遗传信息容量。3.意义:(1)校正作用;(2)调控翻译;通过编辑可以构建或去除起始密码子和终止密码子;(3)扩充遗传信息。如,锥虫coxIII mRNA编辑后增长。【RNA种类】1.核蛋白体RNA(rRNA):核蛋白体组分2.信使RNA(mRNA):蛋白质合成模板3.转运RNA(tRNA):转移RNA4.核内不均一RNA(HnRNA):成熟mRNA的前体5.核内小RNA(SnRNA):参与HnRNA的剪接和转运6.核仁小RNA(SnoRNA):rRNA的加工修饰7.胞浆小RNA(ScRNA):蛋白质内质网定位合成的信
8、号识别体组分【tRNA的加工】1.原核:tRNA初始转录本多为多顺反子(polycistron),也就是几个tRNA分子串连在一起;少数的tRNA前体为单顺反子(monocistron) 。分为四个阶段:(1) “斩头”,形成5末端;RNaseP内切酶;(2) 去尾,形成3-OH末端; RNaseF,RNaseD;(3) 缺-CCA的tRNA要用tRNA核苷酰转移酶加-CCA; (4) 修饰:通过甲基化酶,硫醇酶,假尿嘧啶核苷化酶等进行修饰。2.真核:(1)真核的前体分子tRNA是单顺反子,但成簇排列,基因间有间隔区;(2)真核tRNA基因一般都比原核tRNA基因多得多,如酵母约有400个tR
9、NA基因;(3) 5端单磷酸核苷酸,表明已被加工过;(4) tRNA的前体分子中含有内含子。3.真核tRNA的加工和原核的异同: 真核tRNA前体中无二聚体和多聚体;? 增加了剪接内含子的过程;)都要加CCA。 【rRNA的加工】1.原核:(1)在E.coli中rRNA有7个转录单位.(2)rRNA序列是保守的,每个转录单位都含有等比例的16S、23S、5S RNA及一个或几个tRNA。(3)每个转录单位转录成单个的RNA前体分子,经剪切后变成为成熟的RNA的分子。(4)rRNA前体的加工是由RNase 负责的。2.真核:(1)18S、58S和28S rRNA基因串联形成一个转录本,初始转录本
10、为45S前体,5S RNA是和它们分开转录的,和原核的rRNA基因不同。(2)真核的rRNA没有内含子,无需剪切内含子这一步。 十、遗传密码【遗传密码】1.概念:mRNA上每3个核苷酸翻译成蛋白质多肽链上的一个氨基酸,这3个核苷酸称为密码,也叫三联子密码。2.起始密码子:蛋白质翻译过程中被核糖体识别并与起始tRNA结合而作为肽链起始合成的信使核糖核酸(mRNA)三联体碱基序列。大部分情况下为AUG,原核生物中有时为GUG等。 3.终止密码子:蛋白质翻译过程中终止肽链合成的信使核糖核酸(mRNA)的三联体碱基序列。一般情况下为UAA、UAG和UGA,它们不编码氨基酸。 4.反密码子:tRNA中能
11、与mRNA上的密码子互补配对的三核苷酸残基,位于tRNA反密码子环的中部。除了常在第一位出现次黄嘌呤(I),可与U、A、C三者间碱基配对。5.性质:(1)简并性:指多种密码子编码同一氨基酸的现象。对应于同一种氨基酸的几个密码子称为同义密码子。(2)普遍性与特殊性:蛋白质生物合成的整套密码,从原核生物到人类都通用,但也有例外。(3)连续性:起始密码子决定所有后续密码子的位置,密码间既无间断也无交叉。(4)摆动性:在密码子与反密码子的配对中,前两对严格遵守碱基配对原则,第三对碱基有一定的自由度,可以“摆动”。6.特点:(1)是三联体密码。(2)无逗号。(3)是不重叠的。(4)具有通用性。(5)具有
12、简并性(degeneracy )。(6)具有起始密码子和终止密码子。(7)反密码子中的“摆动”(wobble)。【开放阅读框架(open reading frame, ORF)】1.概念:从mRNA 5端起始密码子AUG到3端终止密码子之间的核苷酸序列,各个三联体密码连续排列,一个可读框编码一个蛋白质多肽链.2.框移突变:基因损伤引起mRNA阅读框架内的碱基发生插入或缺失.十一、蛋白质的生物合成翻译【转运RNA(tRNA)】1.特点:存在经过特殊修饰的碱基,3端都以CCA-OH结束,这是其氨基酸结合位点。被称为第二遗传密码。2.二级结构:三叶草形;三级结构:“L”形,含氢键、次级氢键、三级氢键
13、。3.功能:(1)解读mRNA的遗传信息(2)运输的工具,运载氨基酸4.两个关键部位:(1)3端CCA:接受氨基酸,形成氨酰-tRNA。(2)与mRNA结合部位反密码子部位5.种类:(1)起始tRNA:能特异地识别mRNA模板上起始密码子的tRNA。真核中,起始AUG编码的氨基酸是Met;原核中,AUG所编码的氨基酸并非甲硫氨酸本身, 而是甲酰甲硫氨酸,起始AA-tRNA为fMet-tRNAfMet 。(2)延伸tRNA:其他tRNA的统称。(3)同工tRNA:代表同一种氨基酸的tRNA称为同工tRNA。(4)校正tRNA:校正tRNA能通过改变反密码子区校正突变。【核糖体】1.概念:核糖体是
14、由几十种蛋白质和几种核糖体组成的亚细胞颗粒。它像一个能沿mRNA模板移动的工厂,执行着蛋白质合成的功能。2.结构:可解离出大、小两个亚基,每个亚基组成:rRNA+蛋白质。3.特点:有三个tRNA结合位点,位于大小亚基交界面。【相关概念】1.多聚核糖体:是位于mRNA分子链上处于不同翻译阶段的多个核糖体的复合体,在核糖体不断地想mRNA附着结合,并沿着mRNA移动且进行翻译时形成。2.核糖体循环:台联合成 的延伸是通过核糖体循环,每经过一个循环,就有一个氨基酸残基加入到肽链上,周而复始地延伸,是多肽链得以合成。包括三个反应:进位反应、转肽反应和移肽反应。3.r蛋白(核糖体蛋白):通过共价键与rR
15、NA一起构成核糖体的两个亚基,在蛋白质的生物合成中发挥重要作用。4.SD序列:原核生物mRNA上的一段富含嘌呤碱基的序列,位于起始AUG上游10个碱基左右区域,能与细菌的16S核糖体RNA 3端反SD序列的嘧啶碱基互补配对,以引导起始AUG进行翻译。5.信号肽:指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移(定位)的N-末端的氨基酸序列,是2030氨基酸残基组成的肽段,将分泌蛋白引导进入内质网,同时这个肽段被切除。6.导肽:又称转运肽或导向序列,它是游离核糖体上合成的蛋白质(都是结构蛋白)的N-端信号,与蛋白质在细胞器内的定位有关。7.翻译跳跃:核糖体对密码子的识别一般从初始AUG开始,直到终止密码
16、子为止,翻译过程严格按一个可读框进行。但也有例外,翻译中可读框发生位移,常表现为一个碱基的位移,也会出现核糖体跳过一大段mRNA后继续翻译的情况,称为翻译跳跃。8.分子伴侣:指能在细胞内辅助新生肽链正确折叠的一类保守性蛋白质,它们在序列上没有相关性但有共同功能。分为两类:伴侣素和热休克蛋白。9.顺反子:是一个遗传功能单位,一个顺反子决定一条多肽链,是基因的同义词。【翻译过程】1. 氨基酸活化:氨基酸是生物合成蛋白质的原料,氨基酸在氨酰-tRNA合成酶的作用下生成活化氨基酸AA-tRNA才能被准确地运送到核糖体中,参与多肽链的起始或延伸。2. 翻译的起始:三个步骤:(1)30S小亚基与翻译起始因
17、子IF-l,IF-3的作用下通过mRNA 的SD序列与之相结合;(2)在IF-2和GTP的帮助下,fMet-tRNAfMet进入小亚基的P位,tRNA上的反密码子与mRNA上的起始密码子配对;(3)带有tRNA、mRNA及3个翻译起始因子的小亚基复合物与50S大亚基结合后,释放翻译起始因子。3. 肽链的延伸:当第一个氨基酸与核糖体结合以后,按照mRNA模板密码子的排列,氨基酸通过新生肽键的方式被有序地结合上去。注意:每加一个AA是一个循环,每个循环包括:后续AA-tRNA与核糖体结合、肽键的生成和移位。4. 肽链的终止:当终止密码子出现在核糖体的A位时,没有相应的AA-tRNA能与之结合,而释
18、放因子(RF)能识别这些密码子并与之结合,水解P位上多肽链与tRNA之间的二酯键,释放新生的肽链和tRNA,核糖体大、小亚基解体,蛋白质合成结束。5. 蛋白质前体的加工:新生多肽链大多数是无功能的,须经过加工修饰才能转变为有活性的蛋白质。(1)N端fMet或Met的切除(2)二硫键的形成(3)特定氨基酸的修饰。氨基酸侧链的修饰包括:磷酸化(如核糖体蛋白质)、糖基化(如各种糖蛋白)、甲基化(如组蛋白、肌肉蛋白质)、乙基化(如组蛋白)、羟基化(如胶原蛋白)和竣基化等。(4)切除新生链中非功能片段6. 蛋白质的折叠:新生肽链一般首先折叠成二级结构,再进一步折叠盘绕成三维结构。【真核生物翻译的起始机制
19、与原核生物的比较】1.相同点:(1)核糖体小亚基结合荷载的起始tRNA;(2)在mRNA上必须找到合适的起始密码子;(3)大亚基必须与已经形成复合物的小亚基、起始tRNA、mRNA结合。2.不同点:(1)核糖体较大;(2)有较多的起始因子;(3)RNA具有 5端帽 子结构;(4)Met-tRNAMet不甲酰化;(5)mRNA分子5端的“帽子”和3端的多聚A都参与形成翻译起始复合物。【蛋白质翻译水平的调控】1.调控过程涉及mRNA的稳定性,mRNA分子结构对其功能的控制,以及与多种蛋白质因子间的相互作用。2.mRNA5端和3端所含的非翻译区是影响翻译过程的主要调节位点。3.mRNA的polyA结
20、合蛋白在翻译中作用显著4.翻译与许多蛋白质因子自身的磷酸化修饰密切相关,如eIF-4F的磷酸化可影响蛋白质合成速率。5.终止密码子在不同的生物中有偏爱选择性。【信号肽与前导肽的特点】1.信号肽:(1)1015个疏水氨基酸;(2)N端有带正电荷的氨基酸;(3)C端接近切割点处代数个极性氨基酸;(4)C端氨基酸侧链短。2.前导肽:(1)带正电荷的碱性氨基酸(特别是精氨酸)含量较丰富,分散于不带电荷的氨基酸序列之间;(2)缺少带负电荷的酸性氨基酸;(3)羟基氨基酸(特别是丝氨酸)含量较高;(4)有形成两亲(既有亲水又有疏水部分)-螺旋结构的能力。十二、原核生物基因表达调控【调控水平】(1)转录水平上
21、的调控(2)转录后水平上的调控:mRNA加工成熟水平调控和翻译水平调控【指挥信号】(1)原核生物:营养状况和环境因素(2)高等真核生物:激素水平和发育阶段【转录水平调控的决定因子】(1)DNA的结构(2)RNA聚合酶的功能(3)蛋白因子(4)其他小分子配基的相互作用【分类:(主要发生在转录水平上)】1)根据调控机制(1)负转录调控:在没有调节蛋白质存在时基因是表达的,加入这种调节蛋白质后基因活性便被关闭。调节基因的产物是阻遏蛋白(repressor)。(2)正转录调控:在没有调节蛋白质存在时基因是关闭的,加入这种调节蛋白质后基因活性就被开启。调节基因的产物是激活蛋白(activator)。2)
22、根据应答方式(1)可诱导调节:指一些基因在特殊的代谢物或化合物的作用下,由原来关闭的状态转变为工作状态,即在某些物质的诱导下使基因活化。如大肠杆菌的乳糖操纵子分解代谢蛋白的基因。(2)可阻遏调节:基因平时是开启的,处在产生蛋白质或酶的工作过程中,由于一些特殊代谢物或化合物的积累而将其关闭,阻遏了基因的表达。如色氨酸操纵子合成代谢蛋白的基因。【相关概念】1.顺式作用组件:由若干可以区分的DNA序列组成,并与特定的功能基因相连,组成基因转录的调控区,通过与相应的反式作用因子结合,实现对基因转录的调控。如启动子、终止子、沉默子、增强子等。其活性只影响与其自身同处在一个DNA分子上的基因。2.反式作用
23、因子:能直接地或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上,参与调控靶基因转录效率的蛋白因子,也被称为转录因子(TF)。它有非特异性和特异性之分。3.结构基因:是编码大量功能各异的蛋白质或RNA的特异DNA序列。4.调节基因:是编码那些参与基因表达调控的RNA和蛋白质(调控蛋白)的特异DNA序列。5.操纵子:是原核生物DNA上的一段区域,它包括共转录到一条mRNA上的多个结构基因和这些基因转录所需的顺式作用序列,这些序列包括启动子、操纵基因和转录调控有关的序列。是转录功能的一个单位,如乳糖操纵子。6.操纵基因(operator):是操纵子中的控制基因,在操纵子上一般与启动子相邻,通常处于开放
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