核酸.ppt
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1、核 酸 (Nucleic Acid),主要介绍碱基、核苷、核苷酸和核酸的结构、性质和功能,核酸的分离、提纯、鉴定等。,(一)核酸的概念,核酸英文名nucleic acid(NA),1868年瑞士F. Miescher(米歇尔)发现了核酸。,一、核酸的概念和重要性,核酸是由几十个甚至几千万个核苷酸聚合而成的具有一定空间结构的大分子化合物。,(二)核酸的重要性,(一)类别,nucleic acid,(二)分布,二、核酸的类别、分布和组成,(三)组成,1碱基(base):又称含氮碱,(1)嘧啶碱(pyrimidine, Py),(2)嘌呤碱(purine, Pu),其它嘌呤(核酸的代谢产物):,黄嘌
2、呤、次黄嘌呤、尿酸等,(3)修饰碱基(modified base): 也称稀有碱基(minor base),(4)碱基的性质, 一般的物理性质, 互变异构现象,uracil 酮式,uracil 烯醇式, 碱基的紫外吸收,最大吸收峰在260nm附近, 碱基的解离,2戊糖(pentose),(1)结构,-D-核糖,-D-2-脱氧核糖,-D-2-O-甲基核糖,(2)性质, 氧化反应, 碱水解,2-核苷酸3-核苷酸 混合物, 颜色反应,3磷酸(phosphoric acid),(一)核苷(nucleoside),1核苷的结构,核苷:含N苷,-苷,三、核苷、核苷酸,核苷中戊糖与碱基的连接方式:,腺嘌呤核
3、苷 (adenosine),胞嘧啶脱氧核苷 (deoxycytidne),核苷,核糖核苷(核苷):A、G、C、U,脱氧核糖核苷(脱氧核苷):dA、dG、dC、dT,命名,简写符号,天然核苷:一般为反式构象,2修饰核苷(modified nucleoside): 也称稀有核苷(minor nucleoside),修饰核苷包括三种情况:,(1)由修饰碱基和糖组成的核苷,(2)由非修饰碱基和2-O-甲基核糖组成的核苷,(3)由碱基与糖连接方式特殊的核苷,(1),(2),(3),(),还有一些核苷,它们的碱基不是嘌呤环,但可把它们看作是鸟苷的衍生物,如Y核苷、Q核苷。,修饰核苷的简写符号,少数修饰核苷
4、用单字符号如D、I;但大多数修饰核苷是将碱基取代基、取代位置和取代数目写在核苷单字符号的左边,用小写英文字母代表取代基。,取代基用下列小写英文字母表示 :,例:,注意:,例: 2-O-甲基腺苷 Am,含修饰核糖的核苷即2-O-甲基核苷的表示方法,在核苷符号的右下方注上一个小写m。,3核苷的性质,(1)物理性质,(2)互变异构现象,(3)紫外吸收:OD260,(4)两性解离,(二)核苷酸(nucleotide, Nt),1核苷酸的结构,(1)(核糖)核苷酸(ribonucleotide):,2,3,5一核糖核苷酸,(2-AMP),(3-AMP),(5-AMP),3,5一脱氧核糖核苷酸,Deoxy
5、adenosine 3- monphosphate (3- dAMP),Deoxyadenosine 5- monphosphate (5- dAMP),(2)脱氧(核糖)核苷酸(deoxyribonucleotide):,(1)一般物理性质,(2)互变异构现象,(3)紫外吸收,2核苷酸的性质,4种单核苷酸吸收光谱的标准比值,光密度 比值,pH,核苷酸,A260:样品在260nm处的吸收值,E260:所测核苷酸的摩尔消光系数,C: 核苷酸样品的浓度(mg/ml),核苷酸(mg) = Mr N V,胞嘧啶核苷酸的解离,(4)核苷酸的两性解离和等电点,4种核苷酸的解离曲线,可在pH2.05.0之间
6、分离各种核苷酸,pH3.5时各核苷酸所带电荷,1ATP类的高能磷酸化合物,(三)核苷酸的重要衍生物,2环状核苷酸,胞内,ATP cAMP + PPi,磷酸二酯酶,5-AMP,腺苷酸环化酶 (AC),3核苷多磷酸类,(一)DNA的一级结构Primary structure,1DNA分子中核苷酸的连接方式,四、DNA的结构,53,RNA,简写方法:线条式、文字式,英国Sanger 1975年加减法,1977年末端终止法,美国Maxam和Gilbert 1977年化学断裂法,2DNA分子中核苷酸的排列顺序,(1)酶法(双脱氧法、末端终止法),1提出DNA双螺旋结构模型的根据,(1)x-光衍射分析,2
7、0世纪40年代Astbury,1952年M.Wilkins,(二)DNA的二级结构,(2)DNA碱基组成的定量分析,20世纪40年代chargaff规则, DNA碱基组成有种的特异性,但没有组织、器官特异性。, A=T;G=C;A+G=T+C,2DNA双螺旋结构模型(double-helical structure),1953年Watson和Crick提出了DNA双螺旋结构。,(3)碱基、糖、磷酸的位置。,DNA双螺旋结构要点:,(1)两条反向平行的多核苷 酸链,右手双螺旋。,(4)双螺旋的直径,螺距。,(2)大沟(深沟) 小沟(浅沟),(5)碱基配对,(6)碱基的序列,稳定DNA双螺旋结构的
8、化学键,(1)互补碱基对之间的氢键,(2)碱基堆积力(base-stacking forces),(3)磷酸基上的负电荷与介质中的阳离子之间形成的离子键,3DNA双螺旋的种类,Watson Crick DNA双螺旋结构(B型DNA),当DNA钠盐纤维相对湿度和盐的种类改变时, DNA的构象发生改变。,不同DNA纤维的空间结构,A-DNA:,与B-DNA相同处:,与B-DNA不同点 :,(1)螺体宽而短,直径2.55nm;11个核苷酸一圈,螺距2.46nm。,(2)碱基的倾角大一些:倾角19。,A-DNA:RNA分子中的双螺旋区;DNA-RNA杂交分子。,A-DNA和B-DNA之间可以相互转换,
9、推测在转录时,DNA分子发生BA的转变。,反向的两条多核苷酸链,右手螺旋。,C型DNA的一些数据与B型DNA很相似。,C-DNA:,4DNA双螺旋的研究进展,(1)Z-DNA,1979年美国ARich等人发现了左旋DNA(左手DNA双螺旋结构),晶体X-光衍射分析,d(Cp Gp Cp Gp Cp Gp),Z-DNA的特点,Z-DNA的生物功能:,Zig-zag 之字,与基因表达、基因调控有关。,(2)三螺旋DNA,(3)四螺旋DNA,DNA,双链线状,双链环状,单链线状:动物病毒MVM,单链环状:噬菌体X174,真核细胞染色体DNA,噬菌体T2,T5,T7,P22,E-Coli染色体DNA,
10、线粒体DNA,叶绿体DNA,多瘤病毒DNA,病毒SV40DNA,噬菌体和X174的复制型,噬菌体T2DNA长约50m,E-coli DNA 长约1mm,人生殖细胞DNA长约1m,(三)DNA的三级结构,双链环状DNA(double stranded cyclic DNA, DSCDNA),双链环状DNA在自然界是广泛存在的,如一些病毒DNA、一些噬菌体DNA、细菌质粒DNA、线粒体和叶绿体DNA等。,1共价闭合环状DNA(covalently closed circular DNA, cccDNA)的超螺旋结构(superhelical structure),形成超螺旋的基础:,DNA双螺旋的
11、扭曲形成超螺旋(superhelix),负超螺旋,正超螺旋,超螺旋DNA的性质,结构紧密,粘度较低,浮力密度大,沉降速度快。,变性,2开环DNA(open circular DNA, ocDNA),也称松环DNA(relaxed circular DNA, rcDNA),+,3连环DNA(Catenanes DNA),单体,二聚体,1重复序列 (repeated sequence ),(1)高度重复序列(highly repeated sequence),卫星DNA(satellite DNA),基因组(genome),(四)真核细胞染色体DNA结构,主体DNA(bulk DNA),卫星DNA
12、(satellite DNA),(2)中度重复序列(moderately repeated sequence),(3)单一序列(unique sequence),2回文结构(palindromic structure),(1) 回文结构,回文结构也称反向重复(inverted repeats),(2) 发夹形和十字形,(一)RNA的类别,1核糖体RNA(ribosomal RNA, rRNA),2转移RNA(transfer RNA, tRNA),3信使RNA(messenger RNA, mRNA),五、RNA的结构,4其它类别的RNA,(1)病毒RNA(Viral RNA, rRNA),(
13、2)核内RNA(nuclear RNA, nRNA), 不均一核RNA(heterogeneous nuclear RNA,HnRNA), 小分子核RNA(small nuclear RNA, sn RNA), 小分子核仁RNA(small nucleolar RNA, sno RNA), 染色体RNA(chromosomal RNA, ch RNA),(3)线粒体RNA(mitochondrial RNA, mit RNA),(4)叶绿体RNA(chloroplast RNA, chlRNA或ctRNA),(二)RNA的一级结构,1RNA分子中核苷酸之间的连接方式,3,5-磷酸二酯键,2RN
14、A分子中核苷酸的排列顺序,酵母tRNAAla,小片段重叠法,直接阅读法(直读法),1965年,3几类RNA的一级结构,(1) tRNA的一级结构,tRNA一级结构的共同点:, Mr较小(Mr25000),沉降常数4S。, 各种tRNA的链长很接近,一般在7393个核苷酸之间。, tRNA分子中约20多个位置上的核苷酸是保守的(不变和半不变的), 各种tRNA的3一端为CCA;5一端大多数为pG,少数为pC。, tRNA分子中含有较多的修饰成分。,(2)rRNA的一级结构,原核生物核糖体,70S,50S,30S,5S rRNA, 23S rRNA,34种蛋白质,16S rRNA,21种蛋白质,真
15、核生物核糖体,80S,60S,40S,5SrRNA,5.8SrRNA,28SrRNA,49种蛋白质,18SrRNA,33种蛋白质,(3)mRNA的一级结构,真核生物mRNA的一级结构可用下式表示 :,5-cap:m7G(5)pppNmp,5-cap,cap0: m7G(5)pppNp,cap1: m7G(5)pppNmpNp,cap2: m7G(5)pppNmpNmpNp,5-cap的功能,(1) 防止mRNA被核酸酶降解。,(2) 为mRNA翻译活性所必需。,(3) 与蛋白质合成的正确起始有关。,3-polyA : polyA的残基数20200个,或更多。,polyA的功能,(1) 保护mR
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