核酸序列分析.ppt
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1、核酸序列分析,核酸序列分析是生物信息学应用中的一个重要方面,一般包括:DNA碱基组成、密码子的偏向、内部重复序列、特殊位点(限制性位点及转录、翻译和表达调控相关信号)、编码区分析、一二级结构等。,第一节 核酸序列的检索 第二节 核酸序列的基本分析 第三节 核酸序列的电子延伸 第四节 基因的电子表达、定位分析 第五节 基因识别 第六节 核酸序列的提交,一、 Entrez检索系统 (http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery?itool=toolbar) 二、 SRS 检索系统 (http:/srs.ebi.ac.uk),第一节 核酸序列的检索,三、DBGET/
2、LinkDB检索,通过软件,如BioEdit (http:/www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/)、DNAMAN (http:/ 核酸序列的基本分析,一、 分子质量、碱基组成、碱基分布,二、 序列变换,三、限制性内切酶分析,REBASE(Restriction Enzyme Database)限制酶数据库 (http:/),1. 测序峰图的查看 澳大利亚Conor McCarthy开发的Chromas.exe程序,且BioEdit软件和DNAMAN软件都可以查看。,四、克隆测序的分析,2. 核酸测序载体序列的识别与去除,测序克隆被宿主菌核酸序列污染,或目的克隆来自于宿主菌,可通
3、过Blastn直接对GenBank或EMBL数据库进行相似性分析进行判断。,RepBase重复序列数据库 http:/www.girinst.org/server/RepBase/,五、重复序列分析,cDNA文库,EST,较长cDNA,全长cDNA,第三节 核酸序列的电子延伸,1.5Kb,500bp,500bp,500bp,500bp,基本过程: 1. 通过Blast搜索GenBank的EST数据库,选择与待分析的序列具有较高同源性的EST匹配序列; 2. 将匹配序列和待分析的序列装配产生新序列; 3. 以新序列作为待分析的序列重复上述过程,直至没有新的匹配序列,从而生成最后的新序列。,htt
4、p:/blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi,第四节 基因的表达、定位分析,原理: 将待分析序列与EST数据库进行序列对库检索,然后用与待分析核酸序列具有高同源性的EST序列所对应的组织来源进行推断而得到该基因的组织表达谱。,一、基因的电子表达图谱分析,基本步骤: 1. 通过Blast搜索GenBank的EST数据库,选择与待分析的序列具有最高同源性比分的EST序列; 2. 从NCBI的UniGene数据库进行检索,得到相应的UniGene号; 3. 可通过参与形成UniGene Cluster的序列的组织/细胞来源间接反映待分析序列在哪种组织中表达。,http:/w
5、ww.ncbi.nlm.nih.gov/unigene,二、基因的电子定位分析,通过序列标签位点(STS)定位 通过UniGene/RH技术定位 利用基因组序列定位,利用NCBI的电子PCR资源(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/e-pcr/forward.cgi),1. 利用STS数据库进行定位,步 骤:,获得待分析序列对应的UniGene编号,而大部分UniGene序列已经具有明确的定位信息,可以得到待分析序列的基因定位。,2. 利用UniGene数据库进行定位,http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene,将待分析序列输入基因组数
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