外文数据库检索20121017.ppt
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1、周文琦 中南大学医药信息系,2012.10.17,英文医学数据库检索,2,主要内容,重要外文检索系统及其获取 Pubmed文献检索系统 Elsevier: ScienceDirect,引文检索,一、重要外文检索系统及获取,5,外文文摘数据库 MEDLINE/Pubmed、EMBASE、SciFinder Scholar、BioSIS Previews、Engineering Village、Dialog 外文全文数据库 OVID Full Text、EBSCOhost、Elsevier:Sciencedirect 、SpringLink、ProQues Medical Library、Kluw
2、er Online Journals、OCLC FirstSearch,外文检索系统,6,中南大学医学图书馆外文数据库资源,7,中南大学校本部图书馆外文数据库(部分),8,公共网可获取外文文献数据库,Pubmed文献检索系统 www.pubmed.gov (文摘,部分全文) 2. Google学术论文检索:(文摘,中外文,部分全文) 3. Scirus科学搜索引擎 (文摘),引文检索,二、 Pubmed文献检索系统,1.PubMed概述,什么是PubMed? PubMed的收录范围 PubMed的记录来源 PubMed的常用字段 PubMed的界面结构,12,什么是PubMed? www.p
3、ubmed.gov,PubMed的收录范围,MEDLINE收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据。 部分文献可直接获取全文,包括: PubMed Central (PMC,收录期刊780余种):NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库 开放获取(Open Access,OA)期刊 部分出版商提供的免费文献 与出版商的电子期刊文献同步发布,标注为Epub ahead of print(先于印刷版期刊发表的电子文献)或Epub,PubMed的记录来源,Medline:PubMed主体部分。 PubMed-indexed for MEDLINE Publisher sup
4、plied citations:出版商通过电子方式提交的且还没有进入到In-process阶段的最新医学文献;2003年底之前进入PubMed但没有被Medline收录的期刊文献或该篇文献出版之后其期刊才被Medline收录。 PubMed-as supplied by publisher In-process citations: 尚未进行MeSH主题词标引的最新文献; PubMed-in Process PubMed:受NIH资助项目的作者因遵循“NIH Public Access”向PMC提交的论文手稿;其所在期刊未被MEDLINE收录,但出版商因该文献需遵循“NIH Public Ac
5、cess”而提交给PMC的文献;选择性收录非MEDLINE收录的文献。 PubMed OLDMEDLINE:部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献。 PubMed-OLDMEDLINE,记录标识(1),PubMed indexed for Medline,PubMed - in process, PubMed - as supplied by publisher,记录标识(2),PubMed - OLDMEDLINE,PubMed,PubMed记录的主要字段,字段标识:字段名称 AB:Abstract AD:Affiliation ALL:All Field AU:Authors
6、 1AU:First Author FAU:Full Author Name LASTAU:Last Author PMID:PubMed Unique Identifier CY:Country DP:Publication Date EDAT:Entrez Date GS:Gene Symbol GN:Grant Number,字段标识:字段名称 IS:ISSN LA:Language MH:MeSH Terms MAJR:MeSH Major Topic SH:MeSH Subheadings PT:Publication Type SO:Source TA:Journal Title
7、TI:Title TW:Text Words UID:Unique Identifiers NM:Substance Number TIAB:Title/Abstract,PubMed界面的结构,高级检索,基本检索,20,2.PubMed的基本检索,自动词语匹配功能:智能检索 强制检索 使用 “ ” - 截词检索 使用* 字段限定检索 主题检索 作者检索 期刊检索 布尔逻辑检索,检索词,Mesh转换表,期刊名转换表,作者索引表,经过转换后的检索式,Pubmed系统进行检索,Details分析,21,作者姓名转换表,PubMed的基本检索之一,自动词语匹配功能,自动词语匹配应用例1,检索“肝纤维
8、化与P53基因关系的文献” 分析相关概念:肝纤维 p53基因 确定英文关键词: 肝纤维化liver fibrosis P53基因p53 gene,Step1: 输入提问式,Step2:获取检索结果,解读检索式,(“liver cirrhosis“MeSH Terms OR (“liver“All Fields AND “cirrhosis“All Fields) OR “liver cirrhosis“All Fields OR (“liver“All Fields AND “fibrosis“All Fields) OR “liver fibrosis“All Fields) AND (“g
9、enes, p53“MeSH Terms OR (“genes“All Fields AND “p53“All Fields) OR “p53 genes“All Fields OR (“p53“All Fields AND “gene“All Fields) OR “p53 gene“All Fields),26,细化检索式,(“liver cirrhosis“MeSH Terms) AND (“genes, p53“MeSH Terms),调整后重新检索,28,检索结果显示,PubMed检索结果显示默认为Summary格式。,题名,作者,出处,相关文献链接,相关文献链接按相关性排序,检索结
10、果显示格式转换,检索结果保存及输出,自动词语匹配应用例2,35,Q:如何查找“治疗鼻咽癌的新突破”网页文章的原始文献来源?,Yi-xin zeng chromosome 4,zeng yxAuthor AND (“chromosomes, human, pair 4“MeSH Terms OR “chromosome 4“All Fields),来源,题名,作者,作者单位,获取全文,40,Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索式。 有较好的查全率,同时保证一定的查准率。 下列情形不进行自动词语匹配 截词检索,如bacter* 短语检索,如“kidney allograft
11、” 破折号时,如kidney-allograft History检索,如#1 AND # 字段检索,如toothacheti,问题?,Q:是否可以完全依赖词语的自动词语匹配功能? 例如:单细胞 Single cell,41,自动词语匹配,42,?,强制检索,检索词加上“ ”, -进行强制检索 系统不进行自动词语匹配,不扩展检索 single cell 直接输入 “single cell“ 或者 single-cell,43,PubMed的基本检索之二,强制检索,44,PubMed的基本检索之三,截词检索 可利用系统的截词功能获取更多的相关文献,提高查全率:截词符“*”可代表多个字符,将*加在检
12、索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索;如:bacter*,可以检出bacteria, bacteremia, bacteriophage等词。截词检索时,系统会关闭自动词语匹配功能。,45,PubMed的基本检索之三:截词检索,PubMed的基本检索之四,字段限定检索 PubMed字段限定检索的格式是: 检索词字段标识符。字段限定检索可提高查准率。 如:aspirinti ;brain stem infarctions/drug therapymajr;neoplasms mh:noexp ; Clin Infect Dista;smith abau;zhongshan hospital
13、ad;2008:2010 dp 。,作者检索 在检索框中输入著者姓名,PubMed自动执行著者检索。 例如, 检索Bonnie W. Ramsey撰写的有关“囊性纤维化基因治疗”的文献,在输入框中输入: cystic fibrosis gene therapy ramsey bw 一般姓在前名在后,姓用全称,名用首字母。 例如,输入Smith SR可检索出姓为Smith,名的首字母为SR的所有著者的文献 通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者检索。 例如,输入Smith SR 1AU可检索出第一著者为Smith SR的所有文献。,PubMed的基本检索之五,48,为提高查准率,可将著者与
14、著者单位、主题等信息结合起来检索。 2002年起,Medline在同时采用结合缩写与全称两种方式来处理作者姓名,作者姓名缩写放入AU字段,全称放入FAU字段。例如,输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith,可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。 西文检索工具对中国人名的处理较混乱。如Xia Jia-hui文献可能被分散在“Xia JH”及“ Xia J”下面,检索时需综合考虑,尽可能查全。 也可利用高级检索中的下拉式菜单选择作者字段进行作者检索。 如果想进行更精确的检索,可以用双引号将作者名引起来,再加au,如“smith j”au。,49,PubMed的基本
15、检索之五:作者检索,50,PubMed的基本检索之五:作者检索,期刊检索 在检索框中输入期刊信息,PubMed自动检索出该期刊的文献: 刊名全称:如the American Journal of Pathology 标准的Medline刊名缩写:如Am J Pathol 期刊的ISSN号:如0002-9440, Am J Pathol ISSN号 当刊名与MeSH词相同时,PubMed默认将其作为MeSH词检索。例如Gene Therapy、Science、Cell,为避免误检,可采用刊名字段限定检索。 如Cell transplantationTA可检索出在期刊Cell transplant
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