【大学】交通大学应用数学ARAComputing System操作手册.ppt
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1、交通大学应用数学 ARAComputing System 操作手册,http:/ I: 使用者須知與操作說明,http:/ Node,Service Node NIS/NFS,WAN/LAN,NIS NFS:/data,Network=,RHEL 5.3,dl320,clw01,Switch,140.113.22.0/255.255.255.0 140.113.25.0/255.255.255.0,250GB,專案範圍,Intel 5430,Intel 5570,Intel 5570,Intel 5570,clw02,clw03,clw04,Compiler: Intel11.1-059 Pl
2、ot: Tecplot360,Matlab2008a,Matlab2009a(五人同時使用授權),http:/ 註一:/data/V下還細分課程名稱,例如FEM課程,則為/data/V/FEM 註二:/data 為NFS的分享目錄,http:/ 硬碟空間限制設定方式 顯示空間限制 可在任何一台計算主機上執行,以個人身份,查詢自己的空間限制 $ quota,http:/ 廠商管理群組 廠商管理帳號,http:/ - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(1),系統遷入 使用putty這隻freeware程式 把google大神請出來,搜尋putty,找到網站,然後下載 您可以選擇下載至您
3、的桌面,以便以後使用。 請點兩下開啟 在Host Name下,輸入您要登入的主機IP,例如: 要登入clw04,請輸入 140.113.22.105 接著按Open,開啟terminal 輸入您的帳號,按Enter 接著輸入您的密碼,按Enter,http:/ - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(2),檔案傳遞 使用winscp這隻程式,也是免費的 一樣,把google大神請出來,找到下載點下載 安裝完畢後,桌面出現WinSCP的圖案 點兩下,出現WinSCP登入畫面,請點新增 出現新增畫面,接著,輸入 您要登入的主機名稱,例如: 140.113.22.105 用戶名稱: 密碼:
4、 ,http:/ - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(3),Xming Server 遠端X桌面設定 Xming,這隻程式也是免費的,可以到http:/ 下載完裝完成後,桌面出現X-lanch的圖案,點兩下,選擇Multiple windows,接者一路點下去,設定完畢後,最後會在佇列處出現Xming Server的圖案 下次再啟動X時,直接去點選Xming即可。,http:/ - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(4),設定PUTTY連線時,將X11 Forward過來 接著,在使用putty遷入系統時,別急著按Open,先到Category中, Connectio
5、n - SSH - X11 將Enable X11 forwarding選項打開 接著再按Open,打開terminal 輸入帳號密碼,登入系統,http:/ - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(5),Xming Server遠端X桌面使用 輸入xterm, $ xterm 看是否能出現如右畫面, 出現表示成功。 X-ming的好處是可以將系統上好用的一些GUI工具如gnuplot,或者單位所採購的tecplot所顯示出的圖形給打到你的桌面上。 如果要啟用tecplot,請在putty登入clw04之後,輸入 $ tec360 之後按Enter,tecplot的圖形介面就會顯示到
6、您的桌面上了。,http:/ - 在 Linux 環境下的客戶端連結本系統,我們使用aracity這個帳號來展示,請在使用時,依實際情況,換成您的帳號名稱。 系統遷入 如果您是在xwindow下,請先開啟 terminal 使用ssh連入:$ ssh aracity140.113.22.105 檔案傳遞 如果您是在 xwindow下,請先開啟terminal 第一招 - 使用sftp $ sftp aracity140.113.22.105 sftp put 將檔案放上去 sftp get 將檔案傳回來 第二招 使用scp 將檔案file.dat傳上去到家目錄目錄下 $ scp file.da
7、t aracity140.113.22.105:/home/aracity 將在Cluster上的檔案/home/aracity/file.dat給傳回來 $ scp aracity140.113.22.105:/home/aracity/file.dat ./ 將目錄myjob整個傳上去到家目錄下 $ scp r myjob aracity140.113.22.105:/ X11桌面:不需設定,在使用ssh連入時加上-X就可以了 $ ssh X 140.113.22.105,http:/ 本系統預設使用者能夠登入clw01,clw02,clw03,clw04這四部計算伺服器 在從您個人電腦登
8、入時,請以實體IP的方式或是Domain Name方式登入 在您登入到任何一台計算伺服器後,若要再登入到其他計算伺服器,請直接使用該計算伺服器的主機名稱 全域共享目錄 透過網路檔案系統(NFS)將檔案伺服器上的目錄輸出給每個計算伺服器,使得所有的計算節點都可以共享該目錄。 使用者家目錄: /data ex : /data/T/smchang 每一位使用者都會有自己的家目錄,http:/ 本系統的預設環境為bash 原則上,使用者可以透過ypchsh來更改自己登入的SHELL,但是,本系統的設定以bash及csh為主。使用者自行更改SHELL可能會造成無法預期的環境變數未設置的狀況發生。 bas
9、h 環境檔 一般設定檔(不能更改,由管理者訂定) /etc/bashrc /etc/profile 個人設定檔(可以更改,自訂環境) /.bashrc /.bash_profile csh/tcsh環境檔 一般設定檔(不能更改,由管理者訂定) /etc/csh.cshrc /etc/csh.login 個人設定檔(可以更改,自訂環境) /.cshrc /.login,http:/ 使用aracity帳號,請登入clw01clw04任何一台電腦 請勿登入dl320上去更改密碼,會無法更改成功 $ yppasswd Changing NIS account information for arac
10、ity on dl320. Please enter old password: - 鍵入舊密碼 Please enter new password: - 鍵入新密碼 Please retype new password: - 再鍵入一次新密碼 The NIS password has been changed on dl320. - 出現這行,表示成功更改密碼囉!,http:/ clw04.math.nctu.edu.tw)裡 序列程式,沒有多執行緒的單線緒程式 一般最佳化 icc(ifort) O2 xS myprogram.c(myprogram.f90) o myprogram.exe
11、 完全最佳化 icc(ifort) -fast myprogram.c o myprogram.exe 註:但在clw04以完全最佳化編譯好的程式無法到clw01跑,因為CPU架構不 Compiler flags for optimized compiling Optimized job compiled General Optimized IPO : if you dont link other library icc(ifort) O3 ipo -static xT General : if you want to link other library icc(ifort) O2 xT G
12、eneral SSE vectorized optimized with Pentium4 icc(ifort) O2 axW (with SSE2 extensions) icc(ifort) O2 axT (with SSE3 extensions) icc(ifort) O2 axS (with SSE4.1 extensions),Because libraries are often compiled by using “ O2” flag without “-ipo” optimization,http:/ Improve Maintain the floating point p
13、recision Sometimes compiler do the optimization overly, it will cause the precision problem icc(ifort) mp icc(ifort) mp1 ( speed impact is less than mp ) General Compiling Flag include directory -I ex: ifort I /myinclude Link Libraries -L -l ex: You have a library named libfftw.a and placed in /myli
14、b ifort L /mylib lfftw give the execution filename -o ex: ifort . o myprogram.exe,http:/ Job compile OMP job c pragma or fortran directive inline: icc fast openmp myprogram.c o myprogram.exe ifort fast openmp myprogram.f90 o myprogram.exe auto-parallelized: icc fast -parallel myprogram.c o myprogram
15、.exe,http:/ Job 使用ssh登入到任一計算節點clw01clw04 更改目錄(ex /myprogram)到置放執行檔(ex:a.out)的地方 $ cd myprogram 執行 $ ./a.out OMP Parallel Job 使用ssh登入到任一計算節點clw01clw04 更改目錄(ex /myprogram)到置放執行檔(ex:a.out)的地方 $ cd myprogram set OMP number of threads runtime environment variable : export OMP_NUM_THREADS= Set OMP runtime
16、 stacksize export KMP_STACKSIZE=128m 執行 $ ./a.out,http:/ 如何登入系統 - 在 Windows 環境的客戶端下連結本系統(1),(3)(5) 這三張slides 本軟體為單機永久授權,故同一時間僅能一人使用,請注意。 GUI圖形操作介面如右展示 本軟體安裝在clw04主機上, 使用時請登入至clw04,配 合使用Putty + Xming,將GUI 圖形操作介面從遠端給打到 近端的桌面上來。 登入方法: 開啟Xming Server 開啟Putty,輸入 140.113.22.105,並記得開啟 X11 Forwarding 登入後,輸入
17、 # tec360,http:/ + Xming 啟動 請登入到相關的計算節點上,如要使用matlab2008a,則登入到clw01,如要使用matlab2009a,則登入到clw02clw04 2008a(安裝在clw01) $ matlab $ matlab2008a 2009a(安裝在clw01 clw04,有五個人的浮動授權) $ matlab2009a,http:/ - gnuplot,在Linux下進行高性能計算,得到數據後的簡易XY繪圖,最常用的就是gnuplot 他的好處是免費,而且輕薄短小,不佔太多記憶體資源,是一套跨平台的數學繪圖自由軟體,可以繪製數學函數圖形,也可以從純文
- 配套讲稿:
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