生物信息学原理与方法-第九讲蛋白质序列分析与预测.ppt
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1、第二讲 蛋白质序列分析与预测,生物信息学 原理与方法,目录,一、基本方法 二、在线工具-ExPASy 系统简介,一、基本方法,二、ExPASy 系统简介,1.Protein identification and characterization 蛋白质识别与特证描述 2.DNA - Protein 将DNA序列翻译成蛋白质序列 3.Similarity searches 序列类似性检索(已讲) 4.Pattern and profile searches 模式的搜索 5.Post-translational modification prediction 翻译后修饰预测 6.Topology
2、prediction 空间结构预测 7.Primary structure analysis 一级结构分析 8. Secondary structure prediction 二级结构预测 9.Tertiary structure 三级结构预测 10. Sequence alignment 序列比对(已讲) 11. Biological text analysis 生物学文本分析(不讲),1.Protein identification and characterization 蛋白质识别与特证描述,1-1 AACompIdent - 以氨基酸组织识别蛋白质 1-2 AACompSim -比较
3、Swiss-Port条目与其他条目的差异 1-3 MultiIdent -以等电点、分子量、氨基酸组成、序列特征及肽指纹数据识别蛋白质。 1-4 PeptIdent 以肽指纹数据识别蛋白质、等电点、实验测定的分子量、以Swiss-Prot中所有蛋白质的理论肽来比较使用者指定的肽质谱,提供数据库的注释。 1-5 TagIdent以等电点、分子量和序列特征识别蛋白质,并检出与所给等电点和分子量最接近的蛋白质序列列表。 1-6 FindMod 预测可能的蛋白质翻译后修饰及肽中单个氨基酸可能被取代。将实验测定的肽质谱与指定的Swiss-Prot序列中的理论肽或用户输入的序列作比较,质谱的差异以作出更佳
4、的蛋白质特征描述。 1-7 GlycoMod -以实验测定的质谱预测蛋白质可能出现的寡多醣结构。 1-8 GlycanMass - 以寡多醣结构预测其质谱。 1-9FindPept -由实验质谱识别蛋白质中的肽,并考虑到人工化学修饰、翻译后修饰以及蛋白酶自体溶解等因素。 1-10PeptideMass-以Swiss-Prot 、TrEMBL 条目或用户提供的序列來预测其肽质谱及翻译后修饰。,1-11PeptideCutter 由所提供的蛋白质序列来预测可能的蛋白酶剪切位点或化学剪切位点。 1-12IsotopIdent 预测肽、蛋白质、多核苷酸或化学组成的理论同位分布 1-13PepMAPPE
5、R-由英中的UMIST提供的肽质谱分析工具。 1-14Mascot 由Matrix Science Ltd.,提供的序列搜索、MS/MS离子及肽质谱识别。 1-15PepSea -由Protana, Denmark提供的从肽质谱和肽序列识别蛋白质。 1-16PeptideSearch -由EMBL Heidelberg提供的肽质谱识别工具。 1-17ProteinProspector -由UCSF提供的多种质谱分析工具。 1-18PROWL -由Rockefeller和NY Universities提供蛋白质化学性质及质谱仪资源。 1-19PFMUTS -由MALDI提供,显示肽片段中可能出现
6、的单氨基酸或两氨基酸突变。 1-20CombSearch -一种试验性的的蛋白质识别工具集成系统。,2.DNA - Protein 将DNA序列翻译成蛋白质序列,2-1Translate - 将DNA序列翻译成蛋白质序列。 2-2Transeq 使用EMBOSS 软件包将DNA序列翻译成蛋白质序列。 2-3Graphical Codon Usage Analyser 以图形方式显示密码子偏向性 2-4BCM search launcher 以六种框架翻译DNA序列 2-5Backtranslation 将蛋白质序列翻译成DNA序列 2-6Genewise 比较蛋白质序列与基因组的DNA序列,允
7、许内含子和读框错误 2-7FSED 读框错误检测 2-8LabOnWeb -使用Compugen LEADS clusters延伸EST、表达模式及ESTs序列分析。 2-9List of gene identification software sites 列出基因识别的软件。,3.Similarity searches 相似搜索,3-1 BLAST 3-2 Bic ultra -Smith/Waterman序列搜索 3-3MPsrch - EBI的Smith/Waterman序列比对。 3-4DeCypher Smith/Waterman序列搜索 3-5Fasta3 EBI的FASTA v
8、ersion 3 3-6FDF - Smith/Waterman序列搜索 3-7PropSearch 使用氨基酸组成来进行结构同源搜索。,4.Pattern and profile searches 模式的搜索,4-1 InterPro Scan - 在PROSITE, Pfam, PRINTS及其他家族和功能域数据库中集成检索。 4-2 ScanProsite - 对PROSITE或Swiss-Prot 和TrEMBL的模式序列进行搜索。 4-3 MotifScan - 对蛋白质模式数据库中的序列(包括PROSITE)进行搜索。 4-4 Frame-ProfileScan -对蛋白质模式数据
9、库中的序列(包括PROSITE)进行短的DNA序列搜索。 4-5 Pfam HMM search-在Washington University及Sanger Centre对Pfam数据库进行搜索。 4-6 FingerPRINTScan - 对PRINTS 数据库进行蛋白质指纹搜索。 4-7 FPAT - 蛋白质数据库中的表达搜索。 4-8 PRATT - EBI 及ExPASy的识别蛋白质保守模式 4-9 PPSEARCH - EBI的对PROSITE进行序列搜索。 4-10 PROSITE scan PBIL的对PROSITE进行序列搜索。 4-11 PATTINPROT - 在PBIL搜
10、索一段蛋白质序列或蛋白质数据库中的模式。 4-12 SMART EMBL的简单分子结构研究工具。 4-13 TEIRESIAS - IBM的从不匹配的(unaligned)蛋白质或DNA序列生成蛋白质模式。 4-14 Hits 蛋白质序列与motifs的关系。,5.Post-translational modification prediction 翻译后修饰预测,5-1 ChloroP - 叶绿体转换肽的预测。 5-2 LipoP - Gram阴性细菌脂蛋白质和信号肽的预测 5-3 MITOPROT 预测线粒体的目标序列。 5-4 PATS 预测apicoplast的目标序列 5-5 Pla
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