HPV16病毒中国山西襄垣流行株基因HPV16Z的序列分析.pdf
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1、2 0 0 6 年J u n . 第 1 3卷 6月 第 3 期 中国肿瘤生物治疗杂志 C h i n J C a n c e r B i o t h e rVo l . 1 3 2 0 0 6 No . 3 文章编号 1 0 0 7 - 3 8 5 X ( 2 0 0 6 ) 0 3 -0 2 1 9 -0 2 短篇伦著 HPV1 6 S e q u e n c e 病毒中国山西襄垣流行株基因H P V 1 6 Z的序列分析 a n a l y s i s o f H P V 1 6 Z g e n e o f H P V 1 6 vi rus f r o m X i a n g y u a
2、 n c i t y i n S h a n x i o f C h i n a 王小兵, 李茉, 田海梅, 张伟 ( 中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所生物检测中心 北京1 0 0 0 2 1 ) 摘 要 目的: 分析中国山西襄垣地区人乳头瘤病毒1 6 型H P V 1 6 Z 基因的结构特点。方法: 对H P V 1 6 Z 进行双向测序, 并将其基因全序列与德国 标准株进行对比 分析。结果: D N A序列分析表明, H P V 1 6 Z 与已 发表的德国 标准株基因长度相等, 其中L C R和L 1 , E 6 部位的核酸片段存在变异。L C R的变异部位分别位于7 4
3、 3 1 一 7 4 3 2 n t , 7 4 3 3 n t , 7 4 9 5 n t , 7 8 5 2 n t , 变异方式分 别为碱基插入、 碱基替代及碱基缺失突变; L 1 的变异部位分别位于6 1 6 9 一 6 1 7 1 n t , 6 9 0 1 一 6 9 0 2 n t , 6 9 4 9 一 6 9 5 1 n t , 其变异方式 为碱基替代、 碱基插人及碱基缺失突变; E 6 的变异部位位于3 5 0 n t , 其变异方式为碱基替代突变。结抢 : 中国山西襄垣地区 妇女宫颈癌患者组织中H P V 1 6 型病毒H P V 1 6 Z基因结构与德国标准株H P V
4、 1 6 基因之间存在 , 定的差异。 关键词 人乳头瘤病毒 1 6型; 宫颈癌; 基因序列分析 【 中图分类号 8 3 7 3 . 9 文献标识码 A 人乳头瘤病毒( H P V ) 是一种无包膜的D N A病毒, 可广泛感染人生殖道和肛门的皮肤、 豁膜并导致良性 或恶性肿瘤, 其中与宫颈癌发病关系密切的有H P V 1 6 , 1 8 等型。在妇女宫颈癌和癌前病变组织中, H P V感染 检出率大于9 9 %, 其中高危型H P V 1 6占6 0 %以上。在 我国, 不同地区宫颈癌患者的癌组织中H P V 1 6 的平均 检出 率为7 9 . 6 % “ 。 流 行病学研究已 证实, 不
5、同 地区 的H P V 1 6 往往 存在着变异。自1 9 8 5 年S e e d o r f “ 首次 公布从德国人宫颈癌组织中克隆的H P V 1 6 病毒序列 以来, 研究人员在不同地区检测到H P V 1 6变异株的存 在, H P V 1 6 的变异可能与区域性宫颈癌的高发存在关 联。 张伟教授! 于上世纪9 0 年代初期首次在我国山 西襄垣地区获得H P V 1 6 流行株, 并命名该病毒基因组 为H P V 1 6 Z , 通过核酸杂交试验发现H P V 1 6 Z与当地宫 颈癌和癌前病变显著相关, 且随组织病变加重H P V 1 6 Z 检出率明显增高, 结果提示当地宫颈癌高
6、发可能与 H P V 1 6 感染有关。本实验对中国山西襄垣流行株 H P V 1 6 Z的核昔酸序列进行测序分析, 以探索中国人 H P V 1 6 Z基因结构特点, 为探讨该地区宫颈癌高发的分 子机制及H P V 1 6 相关疫苗的研制奠定基础。 序列分别为: 上游引物 5 - T G G A G C C A C T A T C G A C - T A C G C ; 下游引物 5 - G G C G C C G G T G A T G C C , 利用 3 7 7 自 动测序仪分别从2 端进行测序, 并利用软件 P r i m e r p r e m i e r 5 . 0 获得继续测序
7、的引物, 通过分步测序的方 法获得H P V 1 6 Z的全基因序列。 1 . 3 H P V 1 6 Z病毒基因序列与H P V 1 6 标准株序列比 较 将测序获得 H P V 1 6 Z序列利用 D N A S I S软件与德 国标准株进行序列对比, 比较其核昔酸及编码氨基酸 的同源性。 1 材料与方法 1 . 1 材料 H P V 1 6 Z 质粒, 自山西襄垣获得的H P V 1 6型流行 株病毒基因序列与p A t 1 5 3 载体融合而成的, 并由本室 保存。 1 . 2 病毒基因组的序列测定 根据病毒基因组插人质粒的位点, 设计一对引物, 2 结果与讨论 H P V 1 6 是
8、人乳头瘤病毒高危型之一, 可引起皮肤、 豁膜的恶性肿瘤。 德国标准株基因全长7 9 0 4 b y , 呈 双链环状, 根据功能不同可将其基因组结构可分为早 期区( E区) 、 晚期区( L区) 和长末端控制区( L C R ) o 早期区基因编码E 1 , E 2 , E 4 , E 5 , E 6 , E 7 , 其表达产 物为控制病毒D N A复制的非结构蛋白; 晚期区基因编 码L l 与L 2 , 其表达产物是构建病毒壳体的结构蛋白; L C R位于L 1 与E 6 之间, 约1 0 0 0 b y , 含内含子和增强 子序列, 控制所有O R F的转录, 其保守序列与H P V的 表
9、皮向性有关。经测序刀P V 1 6 Z病毒基因组长度为 7 9 0 4 b y , 与标准株一致。其中L C R , L l 和E 6 基因片 段存在变异( 表1 ) 。 作者简介 通讯作者 王小兵( 1 9 8 0 - ) , 男, 硕士, 实习研究员, 主要从事基因 工程药物研究。E m a il : b i n g z i 2 6 3 . n e t 张伟, E m a il : z h a n g w e p u b l i c . b t a . n e t . c n 中国肿瘤生物治疗杂志第 1 3卷 表1 H P V 1 6 Z基因和蛋白序列的变异 区域 单核昔酸部位 ( n t
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