三种保守蛋白系统树支持卡氏肺孢子虫作为古子囊菌的分类地位.pdf
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1、第 1 5 卷第 2 3 期 2 0 0 5 年 1 2 月 中国现代医学杂志 C h i n a J o u rna l o f Mo d e r n Me d i c i n e V o l . 1 5 N o . 2 3 D e c . 2 0 0 5 文章编号: 1 0 0 5 - 8 9 8 2 ( 2 0 0 5 ) 2 3 - 3 5 3 6 - 0 4 论著 P h y l o g e n e t i c t r e e s o f t h r e e c o n s e r v a t i v e p r o t e i n s s u p p o r t p l a c e
2、 m e n t o f P n e u mo c y s t i s c a r i n i i i n a r c h i a s c o m y c e t e s Y A N A n , P A N M i a o , UY i n g ( B i o l o g i c a l S c i e n c e C o l l e g e , C h i n a A g r i c u l t u r a l U n i v e r s i t y , B e ij i n g 1 0 0 0 9 4 , P . R . C h i n a ) A b s t r a c t : ( O
3、b j e c ti v e I P n e u m o c y s t i s c a r i n i i h a s b e e n t h e m o s t f re q u e n t c a u s e o f m o r b id it y a n d m o r ta l it y i n p a - t ie n t s w i t h A I D S . A s a e u k a ry o t i c p a t h o g e n , i t s p h y l o g e n y h a s b e e n c o n t r o v e r s i a l f o
4、r m a n y ” 。. M o l e c u l a r e v i d e n c e a c c u m u l a t e d i n r e c e n t 2 0 y e a r s s u p p o rt e d t h e p l a c e m e n t o f P n e u m o c y s t i s c a r i n i i a s a f u n g u s , h o w e v e r , it s p h y l o g e n i c p l a c e w i t h i n f u n g i i s s t ill u n c l e a
5、 r . M e t h o d s M o l e c u l a r p h y l o g e n y o f t h r e e c o n s e r v a t i v e p r o t e i n s i s c o n s tr u c t e d to e l u c i d a t e t h e p h y l o g e n y o f P n e u m o c y s t i s c a r i n i i i n f u n g i . A m i n o a c i d s e q u e n c e s o f a c t i n , o t t u b u
6、 li n a n d c a l m o d u l i n i n f u n g i a r e c o ll e c t e d f r o m t h e s w i s s p ro t d a t a b a s e a n d p h y l o g e n i c t r e e s a re c o n s t ru c t e d u s i n g n e i g h b o r 一 i o n i n g m e t h o d i n p h y li p 3 .6 a s o f t w a re . R e s u l t s F r o m t h e p h
7、 y l o g e n e t i c t re e o f a c i t n s in f u n g i P n e u m o c y s ti s “ a n d S c h i z o s a c - c h a r o m y c e s p o m b e a r e i n a n e a r l y b r a n c h o f A s c o m y c o t a . I n t h e 沙y l o g e n e ti c t r e e o f c a l m o d u i n s i n f u n g i , P n e u m o - c y s t
8、i s c a r i n i i a n d S c h i z o s a c c h a r o m y c e s p o m b e a r e e a r l y b r a n c h e s o f A s c o m y c o t a c a ll e d A r c h i a s c o m y c e t e s . T h e o t - t u b u l i n t r e e a l s o s u p p o r ts t h e p l a c e m e n t o f P n e u m o c y s ti s c a r in i i a n d
9、S c h i z o s a c c h a r o m y c e s p o m b e i n A r c h i a s - c o m y c e t e s a n d t h e p o l y p h y l e t i c o r i g i n o f t h i s li n e a g e . ( C o n c l u s i o n T h e p h y l o g e n i c t re e s o f t h e t h r e e p r o t e i n s s u p - p o rt t h e p l a c e m e n t o f P n
10、 e u m o c y s t i s c a r i n i i i n A r c h i a s c o m y c e t e s a n d t h e p o l y p h y l e t i c o r i g i n o f A r c h i a s c o m y c e t e s . K e y w o r d s : m o l e c u l a r p h y l o g e n y ; P n e u m o c y s t i s c a r i n i i ; a r c h i a s c o m y c e t e s C L C N u m b e
11、 r : Q 9 4 9 .3 2 D o c u me 址c o d e : A 三种保守蛋白系统树支持卡氏肺抱子虫 作为古子囊菌的分类地位 燕 安, 潘森, 李颖 ( 中国 农业大学生物学院, 北京 1 0 0 0 9 4 ) 摘要: 目 的卡氏肺袍子虫 作为肺炎的 病原物, 其分类地位一直存在争议。 近二十年来, 关于卡氏 肺袍子虫 的分子生物学证据多支持其为真菌的观点, 但卡氏肺袍子虫 在真菌内 部的分类地位需 要确定。 方法 本研究 在 s w is s p r o t 数据库中 搜集真菌 和卡氏 肺袍子虫中 的肌动蛋白、 o f 微管蛋白 和钙调素这三种保守 蛋白的氛基酸序 列,
12、使用p h y 如3 .6 a 软件中 的邻接法构建三种保守 蛋白 的系 统树, 从而 探讨卡氏 肺抱子虫 的分类地位。结果 三种蛋白的分子系统树都支 持了 将卡氏 肺抱子虫作为子囊菌的早期分支古子囊菌的分类观点。结论古子囊 菌可能并不是一个单起源 群。 关键词: 分子系统树; 卡氏肺抱子虫; 古子囊菌 中图 分类号: Q 9 4 9 .3 2文献标识码: A P n e u m o c y s t i s Ca刀刀i i i sc a n t c y s t i sc a n 川i p n e u mo n i a . t h e p a t h o g e n f o r P n e u
13、m 。 一 P n e u m o c y s t i s c a r i n i i w a s f i e d i n h u m a n i n 1 9 4 2 , i t a c c o u n t s m o r b i d i t y a n d m o rt a l i ty i n i m m u n o c o f o r s i g n if i m p r o m i s e dp a - d i s c o v e r e d c o n s i d e r e d i n t h e l u n g o f r a t i n 1 9 1 2 a n d h a d
14、b e e ni n p a ti e n t sw i t h A I D S . P n e u m o c y s t i s a s a p r o t o z o a n f o r a l o n g time .F i r s t i d e n t i - t i e n t s , e s p e c i a l l y c a n mi i s g o t t e nmo r e a t t e n t i o n f o r t h e c r i t i c a l c o n d i - R e c e i v e d d a t e : M a r 2 7 , 2
15、0 0 5 C o r r e s p o n d i n g a u t h o r . L I Y i n g , 3 5 3 6 第 2 3 期燕 安, 等: 三种保守蛋白系统树支持卡氏肺抱子虫作为古子囊菌的分类地位 t i o n o f A I D S w e a r e f a c i n g n o w . P n e u m o c y s ti s c a r i n i i w a s o n c e a c h a l l e n g e t o t a x - o n o m i s t s . E a r l y s t u d i e s b a s e d o n
16、 i n v i t r o c u l t u r e , m o r - p h o l o g y a n d d r u g s e n s i t i v i ty e t a l . S u p p o rt e d t h e p l a c e m e n t o f i t a s a p r o t o z o a n . H o w e v e r , e v i d e n c e i n m o l e c u l a r b i o l o g y a c c u m u l a t e d i n r e c e n t y e a r s s t r o n g
17、 - l y s u p p o rt t h a t i t i s a c t u a l l y a s p e c i a l i z e d f u n g u s . I n t h i s s t u d y , w e c o n s t r u c t e d p h y l o g e n e t i c t r e e s o f t h r e e c o n s e r v a t i v e p r o t e i n s ( a c t i n , a t u b u l i n a n d c a l m o d u l i n ) t o e x a m th
18、 e p h y l o g e n y o f P n e u m o c y s ti s c a ri n i i i n t h e p h y l u m o f f u n g i . 1 M e t h o d s M o l e c u l a r p h y l o g e n e t i c t r e e s a r e c o n s t r u c t e d w i t h C L U S T AL X a n d P HY L I P s o f t w a r e s . 1 . 1 C o l l e c t i o n o f s e q u e n c e
19、 s A m i n o A c i d S e q u e n c e s o f a c t i n , a t u b u l i n a n d c a l m o d u l i n a r e c o l l e c t e d f r o m S WI S S P R O T d a t a b a s e . 1 . 2 Mu l t ip l e a l i g n m e n t s o f s e q u e n c e s D o f u l l a l i g n m e n t s o f t h e s e s e q u e n c e s w i t h C
20、L U S T A L X s o f t w a r e a n d o u t p u t t h e r e s u l t i n P H YL I P f o r ma t . 1 . 3 N J t r e e s c o n s t r u c t i o n C o n s t r u c t N e i g h b o r 一 i o n i n g t r e e s o f t h e t h r e e t e rn s w i t h P H Y L I P 3 .6 a s o f t w a r e . B o o t s t r a p p r o - 1 0
21、0 0 t i m e s t o g e t t h e f i n a l t r e e s . 2 Re s u l t s A f t e r s e a r c h i n g S WI S S P R O T d a t a b a s e , w e g e t 3 3 a c t i n s e q u e n c e s , 1 4 a t u b u l i n s e q u e n c e s a n d 1 3 c a l m o d u l i n s e q u e n c e s . S e e T a b l e . 2 . 1 A n a ly s is
22、o f p h y l o g e n e t i c t r e e o f a c t i n s i n f u n g i F r o m t h e p h y l o g e n e t i c t r e e o f a c i t n s i n f u n g i . S e e F i g u r e 1 , w e c a n c o n c l u d e : A l t h o u g h s l i m e m o l d s a n d o o c y m e t e s w e r e t r a d i t i o n a l l y c o n s i d
23、e r e d a s f u n g i , t h e a c t i n t r e e s h o w s t h e y a r e d i v e r g e n t f a r f r o m f u n g i . T h e r e a r e t w o m a j o r s i s t e r c l a d e s i n h i g h e r f u n g i , B a - s i d i o m y c o t a a n d A s c o m y c o t a . P n e u m o c y s t i s c a ri n i i a n d S
24、 c h i z o s a c c h a r o m y c e s p o m b e a r e i n a n e a r l y b r a n c h o f A s c o m y c o t a ( A r c h i a s c o m y c e t e s ) , a n d t h e r e s t m e m b e r s i n A s c o m y c o t a f a l l i n t o t w o g r o u p s : E u - a s c o m y c e t e s a n d H e m i a s c o m y c e t e
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- 保守 蛋白 系统 支持 卡氏肺 孢子 作为 子囊 分类 地位
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