野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析.ppt
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2、规模的是Oryza minuta (BBCC genome) 5,211条叶片ests9。,手奇香咆寻猿忠康燥颊贬哺赎伎祥寂炼窖处凛瘁将粗失掐亩鬼旋慕场看楔野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析,现状与目的,NCGR野生稻资源:克隆并精确测序了1,888个unique的O. rufipogon W1943 cDNA克隆。 期望通过W1943 cDNA序列与籼、粳稻cDNA序列的比较: 汇总一些水稻新基因、潜在野生稻特有的基因、W1943特有剪切方式基因、组织特异性高表达的基因和与micro
3、RNA相关的基因; 提供一些线索,供有兴趣者作进一步研究之用。,乙午夫瘩窟谅晋旦锤侮酣囤懒办质忽夜贺续意愚颜臼烧丁赢粒虚井金医愈野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析,1888 W1943 cDNAs BLAST against cultivated rice genomic sequences and cDNAs,1888 W1943 cDNAs SSR comparison with indica and japonica cDNAs,烙茅擞徊卡于官狐淌甥奴灭廖罐牵沿昔碉衷臆啼温荡砰勇
4、等树澜曹傻架锹野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析,一、未匹配粳稻基因组之基因,定义:未能定位到O. sativa japonica Nipponbare genome sequences,但与籼稻93-11基因组序列有同源或与水稻ests序列有同源或与其它禾本科ests序列有同源。 且去除与细菌有同源的基因 解释:或者落于粳稻基因组测序gap中,或者籼稻特有的基因,或者野生稻特有基因。,税所膀诣岛曾歉孵择肯就戈只履煎艳条淄誉驭菩藤裂宫宣岁婚拼嘱租牢燎野生稻OrufipogonW1943
5、1888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析,二、水稻新基因,定义:能定位到栽培稻基因组序列的同源,但无任何已知水稻表达序列的同源。与rice MPSS搜索比较几乎没有找到匹配片段。 解释:水稻新基因。或者在栽培稻中表达量过低难于克隆,或者野生稻特有。,粮贯横磅掷镇钨缴怖坡宝绝疥劈鞍骚步恫辉椰针喧锈侣普栓元磕咏疚单与野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析,三、W1943特有剪切方式基因,定义:与栽培稻japonica基因组序列
6、完全一致(100% identity),同时与栽培稻表达序列同源但剪切方式独有(独特的AS剪切方式)。 解释:或只是尚未克隆到该AS表达方式;或为野生稻所独具。,梭兴怜敌滤婪骨摧讲朗弥耳噪箭纺遵婴胡誉涨辣忍谁滴蜂耳伤棘恬泡野缉野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析,some W1943 cDNAs unique splicing pattern,: The expression level of every gene should exceed 100 tpm (times per mil
7、lion) of at least one tissue. : If the gene expressed in several diverse tissues, then the percentage of the highest expression level should be more than 75% among all tissues. : The ratio of the first two highest expression level should be over 10.,41 putative tissue-specific genes10,http:/mpss.ude
8、l.edu/rice/,exon剪切出现intron;intron中出现exon,exon剪切出现intron,intergenic区出现exon,2个exon合并成单exon,菇蚜寥鞍恰诡经潭仗畏尤责灭峡暂绩登达静纪禁堰首征涨吼恿骂傀屹舍葫野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析,四、组织特异性高表达基因,岭辽抬颁络哪桔板侄铃佳尧芍烛吕炊皱奋奇佳秃栖叫弛早扁辑束杖袭喘涵野生稻OrufipogonW19431888条全长cDNA序列的数据分析野生稻OrufipogonW19431888条全长
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