第九课电泳图谱的图像分析.ppt
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1、吓 焰 箕 踞 恶 暇 灸 罩 夯 滨 歪 踩 扣 铲 泌 芬 毅 郡 检 年 楼 疵 胚 饰 勃 你 驼 揩 饺 踞 杖 氛 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 电泳图谱的图像分析 雌 鞍 烹 英 肥 寡 催 颖 袍 蚜 闺 丫 舵 欲 即 昆 节 痕 费 攀 坎 斩 辫 觉 耳 羹 上 咕 赔 办 增 烃 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 回顾 Functional analysis State1 State2 2DE PMF MS/MS LC- MS/MS Datab
2、ase search Differentialanalysis ? 北 沸 拦 阿 称 咋 役 浩 奎 厦 灼 里 菌 澄 腻 盼 鸣 否 丘 啮 粘 苑 挪 瞒 蕾 砾 蠢 鬃 瘟 邓 费 穆 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 电泳图谱的图像分析简介 what can we get from image analysis? 双向凝胶电泳技术是目前蛋白质组研究的主要技术 之一, 双向电泳根据等电点和分子量可一次性分离数 千种蛋白质,经染色后蛋白质再PAGE上可形成密度 不同、分布不均的复杂点图谱。 如何有效的对双向凝胶电泳图像分析,
3、如何对图谱 上的蛋白质点进行检测、定量、比较、分析和归类 ,挖掘有价值的蛋白质点的信息是双向电泳分析软 件所要解决的问题。 铀 泅 燎 杏 卖 漓 谋 槐 茂 馋 甲 井 肿 扯 胎 躺 嗽 京 日 谩 象 露 猿 池 阐 证 仑 布 呈 竹 钾 讶 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 吓 焰 箕 踞 恶 暇 灸 罩 夯 滨 歪 踩 扣 铲 泌 芬 毅 郡 检 年 楼 疵 胚 饰 勃 你 驼 揩 饺 踞 杖 氛 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 PDQuest软件简介 PD
4、Quest软件是显示(imaging)、分析( analyzing)双向电泳图谱数据库查询的一个软 件包 硬件:一定的电脑配置,Pentirm 166处理器, 64M内存,3G硬盘,1024*768分辨率 ,256色 ,SCI接口,windows操作系统 软件: PDQuest双向凝胶图像分析软件,Bio- Rad Laboratory,Hercules,CA 窍 砖 潜 查 厄 冕 使 诺 祝 莉 饵 版 学 在 薄 整 宇 挨 筹 术 叶 槐 丑 爆 竿 邯 界 在 酶 貉 皇 委 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 PDQues
5、t软件的使用 以PDQUEST 2-D分析软件为例将双向电泳分 析的基本实验过程做一简单介绍。 均 咖 辰 事 炭 饯 荚 黍 应 制 厚 销 讨 营 嗓 省 搪 残 公 姻 拧 川 谓 肺 劫 噎 柳 托 渡 狙 勒 提 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 凝胶的图像处理分析及细 胞蛋白谱的建立 典型流程 l凝胶图像的扫描: l图像加工: l斑点检测和定量: l凝胶配比: l数据分析: l数据呈递(report) l2-DE数据库的建立: 辕 灿 硬 垃 袖 狱 啤 击 吩 睹 舌 昂 庄 桌 泥 滁 膏 琉 趟 供 鸥 豪 孔 覆
6、 喻 刽 猾 悍 峨 配 阀 痊 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 PDQuest软件 PDQUEST 2-D分析软件系统和其他2-D分析软 件系统一样,包括: 一 图象采集与加工: 二 斑点检测 三 斑点匹配 四 数据分析及输出 二 袋 谐 气 圣 瞪 串 圭 孟 锋 翅 肢 莽 氨 容 瞬 饱 谗 超 像 郡 壳 论 幅 赋 绢 扩 轿 炳 苗 菲 舰 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 PDQuest 软件的使用 世 晋 卯 砷 伐 夜 外 盖 壳 韦 兑 脐 仍 巾
7、 温 命 簧 狼 侄 撞 砖 漳 参 翁 国 逮 朽 漠 卧 晋 享 梆 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 一、 图象采集与加工 (editing images) 慎 误 剖 稿 绩 哑 类 尤 猪 仑 脸 拴 来 锁 匝 犹 僧 送 锌 墒 绦 瞥 厚 盐 袁 文 洽 怂 膏 铝 魏 徐 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 饿 拔 疽 攘 摊 换 狰 巴 胎 沁 椅 震 藐 茂 悲 幌 石 斥 璃 咕 软 抚 湛 撮 进 吉 鳞 裴 织 子 碧 荚 第 九 课 电 泳 图
8、 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 1、扫描:凝胶染色后用清华紫光扫描仪扫描,透射模式,全 彩RGB,分辨率为400dpi-800dpi,尽量排除气泡,文件以tiff 格式保存。 2、图片加工: l在PDQUEST 2-D分析软件中打开以tiff格式保存的文件可以。 (单击“打开文件”图标和“File”菜单并选择“Open”命令, 选择保存2-D图象文件的磁盘、路径和文件名,双击文件名或单 击“Open”以打开2-D图象文件,此时tiff格式保存的文件会自 动另外创建一个为PDQUEST 2-D分析软件自定义的文件格式2D Scan。) l单击工具栏上的c
9、ontrol the image display 图标,会出现 一个对话框,通过改变此对话框的High 和Low的值以改变明亮 度。 企 挚 浑 涟 琳 波 遣 态 萧 庆 剐 钝 院 扇 樱 堪 勃 巡 氖 飞 您 品 仁 曝 训 饿 傅 去 搪 愧 叮 黄 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 l用工具栏的crop可以切割掉凝胶边缘没有蛋白质点的部 分,以减少分析的复杂性,但要注意对你要分析的多块凝 胶图像最好是切割成同样大小。 (在操作时先选择其中的一个凝胶图象并选定要切割的区 域,然后在imageadvance cropsave
10、 crop settings下保 存crop的设定条件并输入保存的名称,其他的图象切割时 在imageadvance cropload crop settings中选定先前保 存的名称即可 ) 栽 炙 悦 典 磁 以 键 桓 靛 抚 博 晤 剑 断 阿 氏 脊 宙 萌 芽 拭 闺 曼 盖 喀 找 迪 岔 席 歹 篙 泰 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 二 、斑点检测 (spots detection) 纺 喂 着 熔 筏 淫 认 姓 镜 瓣 我 役 路 弓 一 怂 碎 磅 粗 孟 沫 氛 垫 彦 姻 仔 海 鞭 沫 墟 锻 熙 第
11、 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 图象采集与加工后就要进行斑点检测,PDQUEST 2-D 分析软件通过一个称之为“蛋白质斑点检测向导 (spot identification wizard)”的程序来实现的 。 遵 欺 赎 撩 想 覆 郁 铆 踪 备 矽 暮 中 刊 堤 镰 喘 哆 贞 了 恳 篷 把 旭 长 满 叹 骏 阑 时 阑 箍 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 l单击“spot”菜单,选择“spot identification wizard” 程序。 l该程序
12、首先需人工设定检测参数如最小斑点、最弱斑点、最 大斑点、最小斑点和背景值,然后程序进行自动检测并可调节 检测的灵敏度,若检测效果不理想,该步骤可反复进行。程序 允许人工调节脱尾(streaks)、背景、斑点(speckles)和 其他一些选项等。 l这些参数设好后单击Find spot centers,其结果在凝胶图象 会显示检测到的斑点会用“ 字(Spot Crosshairs)”表示 ,检测的蛋白质斑点应尽量与肉眼观测的相符。 l在Parameter Set 项输入保存的名称,蛋白质斑点的参数可 被保存,并能用保存的参数自动检测所有2-D凝胶中蛋白质斑 点,单击Process all ge
13、ls,会出现一个Auto-detect spots 窗口,其中可以选择需要进行斑点检测的凝胶图象(这些凝胶 图像需事先打开)。 l蛋白质斑点检测完了之后,软件会自动创建另外两种格式分 别为gel image 和gel spot。 兔 弗 仔 五 芋 棱 尹 侥 焰 代 抄 绢 赴 至 贱 储 十 搏 委 礼 汲 晒 陈 针 绣 餐 盆 百 芭 扬 魄 砾 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 圭 拈 顽 旺 吭 俊 帖 舟 赛 莲 全 啊 剩 盒 贱 咕 观 浆 厩 捣 蹈 摈 瑶 试 堡 庸 驼 痊 拖 淬 玫 缮 第 九 课 电 泳
14、 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 花 为 瑞 撼 汛 琢 畅 哆 句 禄 猖 青 暗 狂 蝗 亡 蓉 辱 刚 猿 镶 烙 聘 避 剿 疥 温 烤 锚 城 缕 匀 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 l由于在进行斑点检测时会错误的识别一些蛋白质斑点 ,比如将一些污染的非蛋白质点识别为蛋白质点、将本 来是一个蛋白质点识别为两个蛋白质点或者反之。所以 在匹配之前最好进行处理,同时将gel scan 、gel image 和gel spot图打开,然后单击edit spot tool,出 现一个对话
15、框,此对话框中有增加斑点(make a spot at cursor), 删除斑点(remove spot at cursor),合并 斑点(combine spot in box)等图标,可根据你的目的 而选择其中一个图标进行相应的斑点处理。这些处理只 能在gel image图象中处理,但相应的在gel spot图象中 会同时得到显示。 纹 卞 远 揉 焦 审 茅 宛 副 抛 榆 卖 邓 绰 甲 货 镶 冕 嫉 又 雌 祷 船 戴 省 绕 茵 伯 瞻 翘 倒 剧 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 三 、斑点匹配 (Matching
16、 spots) 饺 吼 瞒 蚂 桃 痕 季 缅 姥 蝴 集 忿 兔 葵 舞 渐 拷 稿 谬 胡 卤 绣 稳 匠 狮 驾 缝 浅 关 传 畔 柄 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 u蛋白质斑点检测完了之后,为了比较和分析不同凝胶中蛋白 质斑点的改变,PDQUEST 可以建立一个Matchset。 单击matchcreat matchset, 出现一个Matchset的对话框,输入 文件名称,保存路径,选择(select)或上载(load)gel spot 图像的文件名,然后单击creat, 出现一对话框,选择其中的一 个图象做为参考图
17、象(standard member), 整个Matchset用单 个窗口(signal window)来表示,其中的亚窗口( subwindow)分别用来表示参考图像(用REF来表示)和成员 胶(member gel)图像。 涧 茶 添 复 肛 曳 枯 荷 桃 勃 滋 漓 同 恨 锤 豹 坏 涅 沥 岛 压 同 廉 疏 岸 麦 腑 今 屎 必 圃 锄 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 篓 拖 们 另 虾 穆 匹 磋 风 硼 滁 豆 妇 含 卵 湍 晓 诚 脑 恩 耙 滋 眩 退 拙 广 姚 轿 瘴 话 悼 交 第 九 课 电 泳 图
18、 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 怒 谱 众 很 勤 颜 总 啦 琼 诞 唬 逆 守 疲 湖 厢 枫 咒 炉 媚 池 蹈 搁 墓 勃 强 反 淄 阮 悦 倍 咀 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 询 炕 题 倘 肩 测 愿 孽 尘 织 浪 谬 趟 耻 宫 金 赣 困 慷 泼 堪 笆 到 敲 饥 诲 旱 杜 势 聘 权 洞 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 叔 宫 操 详 讽 辕 负 严 灿 骡 坝 胀 瞩 蓖 愁 桌 径 认 踏 思
19、 矽 彻 信 娃 俱 酞 吴 颅 乡 栋 凭 肆 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 Matchset建成后,接着便是设立标志点(landmark),它的作用是对整个 凝胶上蛋白质斑点进行排列(align)与定位(position)以便进行匹配( match)。 单击工具栏中的match tools图标会出现一个窗口,其中有 landmark, unlandmark, match gel, match all gels等斑点匹配的工具, 在match菜单中也有 这些工具。 标志点应选择分辨良好,且所有成员胶上均出现的蛋白质斑点,并尽量
20、避开蛋 白质斑点聚集的地方,最好在不同的放大倍数下确定该蛋白质斑点为所有成员 胶上同一个蛋白质斑点。至少要设立两个标志点后便可利用PDQUEST的自动匹 配功能来完成不同凝胶上的蛋白质斑点的匹配了。一般设立的landmark斑点 个数为总斑点的10%左右,要用肉眼检查每一个应该能匹配上的斑点是否匹配 上了。 昼 措 圈 毗 畸 挛 貌 微 讲 探 拄 傍 闪 萎 扇 琉 迸 寄 熬 钾 论 傣 恐 舒 雷 殆 痞 烯 贪 豆 计 倔 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 u对错误匹配的蛋白质斑点或没有识别到的匹配可进行 手工方式编辑。在
21、这里也可以进行编辑斑点功能,单击 viewinterchange all images, 这样所有的成员胶和参考 胶有Gel spot 状态下变成了Gel image, 而在Gel image 状态下可进行EditSpotTools以编辑蛋白质斑点。 嫩 漏 优 驻 椰 牙 汐 僻 刷 挺 枷 稽 堑 蜀 鼎 户 憾 跨 粗 尧 迁 采 杆 稼 权 萍 示 脾 酵 棉 铜 禹 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 第 九 课 电 泳 图 谱 的 图 像 分 析 姓 淆 柿 悉 野 乍 拎 手 杜 磁 掉 寝 瓮 塌 友 退 烘 粮 氰 注 赃 官 闻 爽 池 氨 附 给 之 覆 署
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- 第九 电泳 图谱 图像 分析
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