基因组文库和cDNA文库的比较.ppt

,基因组文库和cDNA文库的比较,01,基因组文库,02,cDNA文库,03,两者比较,基因组文库 概念 文库构建（原核） 文库构建（真核）,01,概念,基因组文库：某种生物基因组的全部遗传信息通过克隆载体贮存在一个受体菌的群体中，这个受体菌群体就是该种生物的基因组文库。 公式:N=ln（1-P）/ln（1-f）, 实际克隆子数应为2N3N或更大。,01,文库构建（原核）,物理学方法：机械类或超声波等 生物化学方法：限制酶部分切割,制备基因组DNA并片段化,重组DNA导入受体菌细胞并扩增,DNA片段与载体重组连接,筛选鉴定基因组文库,原核生物基因组较小，一般采用质粒载体或载体。,01,文库构建（真核）,a.构建 噬菌体型基因组文库,真核生物和原核生物基因组文库构建的原理和过程基本相似，方法有异（原核采用质粒载体或载体）。下面介绍三种方法：,01,文库构建（真核）,b.构建 Cosmid基因组文库,由于筛选困难、重组效率低、文库不易贮存，Cosmid使用不如噬菌体载体普遍。,01,文库构建（真核）,c.构建酵母人工染色体型基因组文库,酵母人工染色体,基因组文库 概念 文库制备,02,概念,cDNA文库：以mRNA为模板，经反转录酶催化，在体外反转录成cDNA，与适当的载体连接后转化受体菌，则每个细菌含有一段cDNA，并能繁殖扩增，这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。 公式:N=ln（1-P）/ln（1-f）,02,文库构建,细胞总RNA的制备及mRNA的分离 包括mRNA、tRNA、rRNA cDNA第一条链的合成 oligo引导合成法、随机引物引导合成法 双链cDNA的合成 四种常用方法 cDNA与载体的连接和噬菌体颗粒的包装及转染或质粒的转化,02,文库构建,引导合成第一链,oligo,02,文库构建,双链 合成方法,DNA,02,文库构建,大肠杆菌 酶降解取代法,RNaseH,02,文库构建,寡聚引物引导法,Oligo,02,文库构建,PCR法,比较 cDNA文库优点 基因组文库优点,03,cDNA文库优点,真核生物克隆序列直接应用于基因工程，基因组文库不能。,以mRNA为原料，研究RNA病毒的基因组结构和基因克隆分离。,复杂性低、筛选简易。其克隆子数为基因组文库的十分之一。,假阳性概率低。基因组克隆子复杂，假阳性概率高。,03,基因组文库优点,基因组文库含有全部基因， cDNA文库只含有全部蛋白质编码的结构基因且受材料影响,cDNA文库能反映mRNA信息，但不能直接获得基因的内含子序列和基因编码区外大量的调控序列信息。需要基因组文库。,cDNA文库中，高丰度mRNA的cDNA克隆,所占比例较高,分离基因容易;低丰度mRNA的cDNA克隆,所占比例较低,分离基因困难;,感谢聆听！,THANK YOU!,