clustalx的应用讲解.ppt
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1、Clustalx简介,Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本,包括linux版,DOS版的clustlw,clustalx(clustalw的PC版本)等。,Clustalx的工作原理,Clustalx输入多个序列,快速的序列两两比对,计算序列间的距离,获得一个距离矩阵。,邻接法(NJ)构建一个树(引导树),根据引导树,渐进比对多个序列。,多序列比对的意义,用于描述一组序列之间的相似性关系,以便了解一个分子家族的基本特征,寻找motif,保守区域等。 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近,应用到进化分析中
2、 其他应用,如构建profile,打分矩阵等。,数据的输入,1.输入输出格式。 -输入序列的格式比较灵活,可以是FASTA格式,还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 -输出格式也可以选择,有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等,用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。,2.注意: -需要比对的多条序列可以保存在一个TXT文件中,选择load载入;也可以分别保存,选择append分条载入(此情况下选择load载入会自动覆盖前一序列)。 -文件中每条序列必须以“”号和注释开头,序列部分则另起一行,其中注释部分就是软件操作过程中序列的标
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- clustalx 应用 讲解
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