RDP4软件分析指南.ppt

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1、重组检测软件RDP4的应用汇报人：赵烨Introduction RDP4(Recombination Detection Program version 4)是一个检测和分析重组信号的软件，包括7种基本检测程序（RDP method,GENECONV,Bootscanning,MaxChi,Cimaera,3SEQ and SiScan）和4种附加检测程 序（LARD,PHYLPRO,distance plots and TOPAL）。操作基本步骤打开一个.meg格式的文件：左击鼠标open按钮。点击页面顶端options按钮，进入General页面选择一系列参数：左击主界面上的X-over按

2、钮开始进行重组分析。分析完毕后出现四个界面，顺时针方向依次为：Sequence displayThe recombination information displaySchematic sequence display Plot displayFigure 1.The main components of the RDP interface.Command buttons 命令按钮Tree display 进化树显示Matrix display 矩阵显示Recombination info.Display重组信息显示Sequence display 序列显示Plot display绘图显示S

3、chematic sequence display图解序列显示Identity display 同源性显示 RDP4界面的主要组成部分界面的主要组成部分分析进度条Position indicator位点指示Identity display同源性显示Sequence display序列显示Sequence namesToggle sequence displayIdentity indicatorToggle identity displaysequence display.左击序列中的部位可以显示不同颜色代表的含义鼠标悬空在某个核苷酸上会显示出该核苷酸处于何序列的具体位置右击鼠标可以保存不同形

4、式你想要的序列Warnings and additionalmethod specific info.P-Value sProbable recombinant(recombinant)and parental sequencesBreakpoint positions:Insequence(in alignment)Method used to detectrecombinant regionThe recombination information display现以下情况，该界面还会出现warning标示（红色）：（1）在比对序列中只有一个可能为父母代毒株的序列（2）有可能(约30%或更

5、大的可能)误认为重组序列(即实际上父母代的序列中的某个才是真正的重组毒株)如果是这样会在后面显示出实际上可能为重组毒株的父母代毒株的名字。（3）无法识别出一个或全部两个突变位点。（4）一个或两个突变位点是错位的。（5）重组信号微弱（6）如果复合信号可能是一个分析错误的人工制品。“confirmation table”部分表明了用不同方法检测出发生该重组事件的毒株数和关于目前检测到的重组事件的符合程度Confirmation table 下面是一个总结性的柱状图，对于99%的用户来说前三条柱状图代表的是有用的信息。柱状图下面的分数大于60%代表这该毒株几乎确定为重组毒株。大于40%小于60%的分

6、数代表软件可能犯了错误，但也可能没有。小于40%表示该毒株很可能不是重组毒株。The schematic sequence displayCurrent viewCycle through display options 改变视图颜色Recombinant region 重组区域Background sequence 背景序列主要亲本与重组序列的同源性潜在的重组区域P-value次要亲本与重组序列的同源性主要亲本与次要亲本的同源性The Plot Display“Recombinant”sequence“Parental”sequencesPortion of alignmentused to

7、 draw tree Cycle through treesView all trees SimultaneouslySwitch to recombinationinformation displaySwitch to compatibilitymatrix displayFigure 6.The dendrogram display.KeyScale barTree Display点击右上角的“cycle through trees”按钮即可以用该序列的不同部分进行做树分析。包括：（1）根据重组序列的不同部分分别作树（2）只有已确认的重组区域做树（即用minor parent 部分）（3）

8、只用已确认的非重组区域做树（即major parent部分）（4）忽略重组的所有区域做树。你还可以选择不同方法做树，包括：neighbour joining,least squares,maximum likelihood,and Bayesian trees.“Mark sequence name as also having evidence of this event”和“Mark sequence name as not having evidence of this event.”选项可以使你在树上手动修改你认为RDP所犯的错误.“Go to sequence name”选项可以指引你在schematic sequence display板块看到这个序列。”Recheck plot with sequence name as recombinant/minor parent/major parent”选项可以使你看到如果你替换了其中一个序列后，进化树会有什么变化。RDP4只是一种检测手段，也会出现很多的错误，不能完全依赖RDP4来判断重组。本人翻译及理解水平有限，希望大家予以谅解！感谢大家的聆听，希望大家提出宝贵意见！谢谢