多中心队列项目的多模态MRI脑影像数据质量控制专家共识.docx
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1、多中心队列项目的多模态MRI脑影像数据质量控制专家共识摘要近年来,多模态MRl脑成像技术迅速发展,为无创揭示健康人脑的组织规律和脑工作原理提供了重要的技术手段。基于多中心MRI脑影像大数据的研究,显著增加了样本的多样性和代表性,提高了统计分析的稳健性,促进了研究方法和数据处理的标准化,提升了研究的可重复性和可比性,已成为脑科学研究的重要发展趋势。然而,当前多中心多模态MRl脑影像研究在扫描设备、序列、参数等方面存在较大异质性,为脑影像数据的质量控制带来了巨大挑战。在科技部科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目“中国学龄儿童脑智发育队列研究”的支持下,来自国内多家从事MRl脑影像研究的权
2、威机构和专家团队,充分总结了当前国内外多中心MRl脑影像大型脑科学研究项目数据质量控制的经验,并基于不同机型的多中心多模态MRl脑影像数据分析,共同制定了多中心队列项目的多模态MRl脑影像数据质量控制专家共识。该共识旨在规范和指导多模态MRl脑影像研究的数据质量控制,为多中心项目的高质量脑影像数据研究奠定基础。近年来,多模态MRl脑成像技术迅速发展,能够以无创方式对活体人脑的结构和功能进行成像,并对人脑的解剖结构、功能活动以及脑区之间的连接模式进行全面且精细的描述。MRI脑成像技术广泛应用于脑科学领域的研究,取得了一系列突破性的成果匹2。这些成果不仅有助于系统性地揭示健康人脑的组织规律和脑认知
3、工作机理,还阐释了脑发育和老化的生命周期规律以及个体分化机制0此外,该技术还为揭示重大神经精神疾病的病理生理机制以及创新脑疾病诊疗评估研究提供了重要的技术支持和全新的研究理念框架mO以往的多模态MRI脑成像研究多局限于单一中心的小样本,尽管单中心研究具有数据一致性和实验条件可控性的优势,但由于成像参数和质量控制标准的差异,数据结果的泛化性和可重复性不高”。随着标准数据结构和开源数据平台的发展e9110基于多中心MRI脑影像大数据的研究受到了广泛关注。多中心研究整合了来自不同地理位置的数据资源,显著提高了样本的多样性和代表性,增强了研究结果的普适性。大规模样本量的增加提高了统计分析的稳健性和对小
4、效应的检测能力。此外,多中心研究的推广也促进了研究方法和数据处理的标准化,有助于提升研究的可重复性和可比性口*4,。通过跨中心资源和知识共享,多中心研究还能促进学术交流和技术创新,已成为脑科学研究的重要发展趋势。近年来,国际上已相继启动了多个以多中心多模态MRl脑成像技术为代表的大型脑科学项目。例如,ENIGMA(EnhancingNeuroImagingGeneticsthroughMeta-Analysis)国际研究联盟通过对神经影像和遗传数据的元分析,增强了对精神疾病的理解。美国国立卫生研究院支持的ABCD(AdolescentBrainCognitiveDevelopment)项目招募
5、了约11500名910岁儿童,进行长期追踪研究,旨在了解青少年大脑发育和各种因素对发育的影响。英国生物银行项目(UKBiOBank)计划招募50万名志愿者,采集详细的遗传和健康信息,为多种疾病的研究提供支持口H。在国内,北京师范大学启动了脑智发育长期追踪项目,旨在绘制脑发育图谱,阐释脑智发育机制,为儿童青少年健康发展提供支持。这些项目不仅提高了数据收集效率,也为深入研究脑发育和脑疾病提供了宝贵的资源。在多中心多模态MRl脑影像数据采集过程中,不同中心的扫描设备和扫描序列并非完全统一,导致影像质量存在显著的中心间差异,进而影响研究结果的一致性山叫2口尽管当前的多中心MRl研究常采用ComBat协
6、调、深度学习等方法来降低中心间扫描设备、扫描序列等非生物学因素差异对研究结果的影响前22,但脑影像采集数据的质量对于脑结构和功能指标的提取及后续分析,如脑疾病分类模型的性能,产生显著的影响在26。因此,多模态MRl脑影像数据的质量控制尤为重要。在科技部科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目“中国学龄儿童脑智发育队列研究”的支持下,来自国内多家从事MRI脑影像和脑发育研究的研究机构和医院的专家共同成立了中国学龄儿童脑智发育队列研究MRl技术专家委员会。该委员会通过充分调研国内外多中心MRI脑影像大型脑科学研究项目,以及分析来自不同机型的多中心多模态MRI脑影像数据,根据各自的研究经验和多
7、次讨论,达成了此共识。该共识旨在规范和指导多模态MRl脑影像研究的数据质量控制,提高影像数据质量和研究结果的可靠性。一、水模质量控制方案基于水模扫描的图像质量控制在MRI临床和科研领域得到了广泛应用。定期进行水模质量控制扫描,不仅可以及时发现显著的成像质量问题,还可以通过分析质量控制指标随时间的变化趋势,尽早发现MRl系统可能存在的潜在性能问题,在这些问题恶化到显著影响脑影像数据之前就予以解决。要开展水模质量控制扫描,完整、明确的质量控制方案是必不可少的前提条件E27o1 .水模的选择:水模的大小、形状和内部物质的物理属性对质量控制指标的测试结果有显著影响。在多中心项目的水模质量控制扫描中,建
8、议使用统一的水模,以消除水模差异对测量结果的影响。对于以功能MRl(functionalMRI,fMRI)序列为核心应用方向的场地或项目,可以选用内部介质均匀的球形或长圆柱形水模。2 .扫描线圈和序列:接收线圈的性能和扫描序列的参数对质量控制指标的测试结果影响较大。建议直接选用人类被试扫描所用的头线圈或头颈联合线圈,以便将线圈性能纳入质量控制的范围。序列方面,建议为每种型号的MRI设备制定统一的扫描序列包,直接导入系统,以便最大限度地保持成像参数的一致性和测试结果的可比性。3 .水模摆放和激光定位:水模质量控制扫描时,操作人员需要严格按照质量控制方案的要求摆放水模、进行激光灯定位,以控制单个操
9、作员多次扫描间的误差和不同操作员之间的个体差异,从而使提取的质量控制指标能够更准确地反映MRl系统本身的性能。如果水模的内容物为液体状态,移动水模可能会导致液体流动,从而影响质量控制测试结果。因此,这类水模建议在进入磁体后,静置约15min再进行扫描。4 .水模质量控制数据分析:一次完整的质量控制扫描测试,需要对获得的水模图像进行分析,提取质量评价测试指标,并依据判别阈值和历史曲线进行评估,得出此次质量控制测试的评价结论。质量控制方案应明确阐述质量评价指标的提取算法和判别阈值,并为日常水模测试提供便捷可靠的数据分析平台和数据上传方法。5 .测试周期和判别结果的应对方案:建议以天或周为单位定期进
10、行水模质量控制扫描测试,以确保对成像性能的连续监控。同时,在每个有人类被试扫描的当天,建议开机后先进行水模质量控制扫描,确保该测试通过后再进行被试扫描。如果水模质量控制测试未通过,则不建议进行被试扫描。二、基于前置机-中心端的二级质量控制体系为了保证MRl数据采集质量,建议采用前置机端的初步质量控制与汇集中心端深度质量控制相结合的二级质量控制体系。前置机为一台高性能存储与计算工作站,部署在采集站点,与MRl采集设备网络互通,采集过程中产生的数据可以准实时地传输到前置机。前置机快速完成各模态影像关键质量控制指标的计算分析,将初步的质量控制结果准实时地反馈给主试,以便主试及时获知数据质量,从而决定
11、是否需要进行重扫。同时,前置机也通过网关或网闸连通互联网,在采集完成当天,将所采集的数据自动传输至数据汇集中心端,以便中心端完成数据的汇总和进行深度质量控制。在配置方面,建议前置机应配有超过2T的存储空间,并具备一定的备份能力,以支持执行期较长的项目。前置机可以存储站点所采集的数据,当出现数据传输或数据丢失等错误时,平台能够重新从前置机获取数据,从而完成存量数据的维护。为了保证前置机-中心端二级质量控制体系的顺利实施,在采集站点预实验阶段,工程师应提前在站点部署前置机,并完成系统、网络、MRI数据传输和质量控制算法测试,并将该站点前置机纳入平台统一的在线运维管理系统中,使用在线监听方式,保证前
12、置机的日常运行与前置机系统与算法的实时更新,实现多站点多设备MRI数据采集与质量控制过程的全流程在线监控。(一)前置机端的准实时初步质量控制1 .前置机电子化记录:在实际的脑影像数据采集过程中,实验主试需要根据脑影像扫描预约记录确认受试者的信息,并在前置机系统中进行实时记录。采集过程中的记录信息主要包括受试者是否到场、扫描过程中是否感觉到身体不适等。这些记录信息将以结构化数据形式与受试者的影像数据关联,并反馈至数据汇集中心进行人工核查。2 .前置机脑影像数据规整与成像参数检查:通过在统一局域网环境下将前置机和MRI设备连接,每完成一个模态的脑影像采集,DICOM数据文件可以自动传输至前置机。当
13、接收到像数据后,前置机系统将DICOM数据文件格式转换为NIfTI格式,以便于后续量化质量控制指标的计算分析。在此过程中,不同序列数据的成像参数信息也会被解析和保存。建议将转换后的NIfTI文件和成像参数信息进一步保存在BIDS(BrainImagingDataStructure)结构中。BIDS格式规定了数据的目录结构、文件命名规则和元数据格式,确保了神经成像数据的有序和标准化结构,有助于在多中心研究中更便捷地共享和分析数据。前置机系统会根据已约定的项目采集序列参数模板,对所采集的序列进行参数检查,以确保序列的各项关键采集参数,如TR,编码方向、采集层数以及DWl的梯度表等,与项目配置完全一
14、致。通过这样的自动化规整与成像参数校验,确保多中心脑影像MRl数据采集的一致性,减少人工检查的疏漏。3 .前置机脑影像数据质量初步评估与反馈:在完成数据规整与参数检查后,前置机系统会针对特定序列的脑影像数据自动计算一系列可以快速输出的客观指标和人工核查图片,从头动情况和伪影水平等多个维度对脑影像进行准实时的量化评估。单个序列的计算过程控制在10min以内,以便主试可以立刻获取数据采集质量的快速反馈。值得注意的是,由于多数评价指标受到数据扫描设备和扫描参数的影响,量化指标的阈值是根据本项目预实验获得的,不同机型之间会略有差别。最终,采集主试可以通过查看当前序列数据绑定的现场记录信息、量化指标反馈
15、结果以及脑影像数据可视化结果,对当前序列的脑影像数据质量进行初步判断,从而在现场决定是否对该受试者进行数据重扫或者重新预约采集,以提高数据采集效率,降低失访率。(二)中心端人机协同的脑影像深度质量控制1 .多站点数据中心汇聚与自动化校验:建议数据采集分站点完成当天的数据采集后,通过网络传输将数据自动汇总至项目的数据汇集中心。一旦中心端接收到特定站点提交的数据,将根据该站点当天的预约记录以及不同序列数据的应提交数据模板对数据进行自动化校验,并通过邮件、信息交流群等方式将校验结果反馈给站点。2 .中心端脑影像数据质量深度评估与反馈:当特定序列的脑影像数据传输至中心端服务器存储后,中心端将在约定时间
16、内完成数据的深度质量控制,计算得到一系列客观指标和人工核查图片,对噪声、头部运动和伪影、结构像分割、扩散MRI(diffusionMRI,dMRI)纤维重建等方面进行综合量化评估。相较于前置机阶段的初级质量控制,中心端质量控制计算时间较长,生成的质量控制指标也更为全面。与前置机采集系统类似,研究者可以通过中心端脑影像质量控制系统查看特定脑影像序列数据相关联的现场扫描、初次质量控制和中心质量控制不同阶段的多维度、可视化结果,从而结合自身专业经验对该序列的影像质量进行最终评估。最终数据质量控制是否通过需由经过培训的专业质量控制人员综合前置机系统的初步质量控制指标、中心端的深度质量控制指标,并对脑影
17、像图像进行细致人工核查后做出判断。三、影像数据质量评价(一)水模影像质量评价水模质量控制的重点是确保不同站点、不同设备、不同时间采集的水模数据具有可比性,能够准确、敏感地反映MRl设备的工作状态,为人脑影像数据提供参考或预警。本共识在规范了水模选择和扫描流程方案的基础上,进一步描述了定义质量评价指标的相关要求,分别针对场图、fMRI和dMRI三部分展开。L水模场图质量评价:主磁场(BO场)的磁场强度在指定空间范围内的不均匀程度被称为主磁场不均匀性。主磁场的不均匀性会导致图像产生不同程度的几何畸变,影响图像信号的均匀性。可以通过场图扫描,根据幅值图和相位图计算以下指标确定主磁场的状况。(1)信噪
18、比(signal-to-noiseratio,SNR),根据场图序列中的幅值图像,通过分别计算水模中心ROl的均值和背景区域的标准差计算SNR28;(2)主磁场不均匀性,在相位图像中,根据中心频率f和场图序列的2个TE的差值(ATE),逐点计算ABO图。在获得的ABO图中,从定义的ROl内选取绝对值最大的50个像素值,计算其平均值作为主磁场不均匀性的代表值由。SNR和主磁场不均匀性的阈值需根据不同扫描机型、系统版本、适配线圈和水模采集的图像评估确定,以制订预警和未通过两级阈值。2 .水模fMRI质量评价:由于水模中不存在血氧水平依赖(bloodoxygenleveldependent,BOLD
19、)效应,水模信号随时间的变化可以敏感地反映MRI系统的稳定性。较大幅度的信号漂移或信号波动提示机器状态不佳。本共识建议对水模的fMRI序列信号进行以下质量评价指标的分析。(I)SNR和信号波动噪声比(Signa-to-fluctuation-noiseratio,SFNR),图像的空间噪声可由时间维度上平均SNR评估30o同时,fMRI信号的时间维度波动也会受到图像噪声的影响,可使用SFNR来评估。SFNR定义为时间域上的信号均值与标准差的比值,其中,标准差的计算需要先使用二次多项式拟合信号以去除漂移。随后,可逐点计算出SFNR在图像各位置的分布。(2)时间信号的波动百分比与漂移百分比,在指定
20、ROI区域内提取像素均值的时间序列(即原始时间信号),随后采用二次多项式拟合方法去除基线漂移,最终通过两个指标波动百分比和漂移百分比进行量化分析,波动百分比为去漂移后时间信号标准差与原始时间信号均值的比值,漂移百分比则通过拟合曲线最大值与最小值的相对差值进行计算。止匕外,还可对去漂移的信号计算其他指标,如Weisskoff曲线、峰峰值(Peak-to-peak)等加。(3)伪影比率,BOLDfMRI使用的平面回波成像(echoplanarimaging,EPI)序列常出现奈奎斯特伪影(Nyquistghost)加。在图像上,将水模中心ROI沿相位和频率编码方向分别平移1/2视场后,计算4个区域
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